Naruto e Jiraiya voltam para Konoha depois de dois anos e meio fora treinando. Naruto encontra Konohamaru juntamente com seu time e Sakura. Após se apresentarem para Tsunade, ela diz que queria testar os dois e para isso escolhe como oponente Kakashi e estes combinam de se encontrarem no campo de treinamento mais tarde.

Naruto e Sakura andam pela vila juntamente com Nara Shikamaru e Temari. Estes dois explicam a Naruto que fazem parte do Chuunin Shiken como supervisores. Shikamaru diz para Naruto algo que o deixa transtornado: ele é o único genin da geração dele, todos os outros viraram chuunin, com exceção do Neji, da Temari e do Kankurou, que viraram jounins, e do Gaara, que virou Kazekage. Naruto fica orgulhoso do Gaara mas diz que não ficará atrás dele e se tornará Hokage, surpreendendo a os outros ninjas que estavam com ele naquele momento.

O Exercício dos Gisos

Já no campo de treinamento, Kakashi decide que Naruto e Sakura têm que fazer a mesma missão do primeiro encontro deles, pegar os sinos. Depois de uma longa luta, Naruto e Sakura conseguem pegar, após um plano mirabuloso de Naruto que consegue descobrir o ponto fraco de Kakashi. Tsunade e Shizune aparecem. Elas, juntamente de Jiraiya, estavam acompanhando a luta. Kakashi diz que agora eles são ninjas iguais, não mais professor e aluno e que juntos formariam o novo time 7.

Resgatando o Kazekage Gaara

Algum tempo depois Naruto recebe sua primeira missão: resgatar Gaara, que foi sequestrado por dois membros da Akatsuki, Deidara e Sasori, quando estes invadiram a Vila Oculta da Areia. Os três encontram Temari, e partem. No vilarejo eles descobrem o que aconteceu, e partem sem a Temari, com Chiyo, até o esconderijo da Akatsuki, onde eles estão extraindo o Ichibi Shukaku de Gaara. Kakashi também envia Pakkun, um dos Ninken, para avisar ao time Gai (Gai, Ten Ten, Neji e Rock Lee), grupo que Tsunade mandou alguns dias depois que eles saíram de Konoha para apoiá-los, sobre os acontecimentos e informando onde fica o esconderijo que a Akatsuki está usando.

No caminho para o esconderijo o time Kakashi se encontra com Uchiha Itachi. Após a luta eles derrotam Itachi, e o corpo que seria de Itachi se revela ser de outra pessoa. Assim eles percebem que Itachi usou algum ninjutsu para controlar o corpo de outra pessoa para poder atrasá-los.

Chegando ao esconderijo, o time Kakashi descobre que o time Gai também precisou lutar contra outro membro da Akatsuki, Kisame. Ao tentar quebrar a pedra da entrada do esconderijo eles descobrem que há uma proteção de cinco selos e que deverão retirar os cinco ao mesmo tempo para poderem quebrar a pedra. Neji com seu Byakugan encontra os outros quatro selos e cada membro do time Gai vai retirar um dos selos. Após todos retirarem Sakura quebra a pedra e o time Kakashi encontra Sasori e Deidara, sem um dos braços, com Gaara morto. Deidara foge com o corpo de Gaara. Naruto e Kakashi o seguem, deixando Sasori para Chiyo e Sakura. Após perseguições e algumas lutas Kakashi usa seu recém-adquirido Mangekyou Sharingan em Deidara, destruindo outro braço dele. Eles o derrubam, e o cercam, mas ele consegue fugir, até que os outros ninjas (Gai e seu time com Chiyo e Sakura) chegam e o cercam de novo. Deidara cria uma explosão para poder fugir, e os ninjas seriam atingidos por ela se Kakashi não usasse de novo seu Mangekyou Sharingan para mandar a explosão para outra dimensão. Deidara foge mas os ninjas de Konoha conseguem resgatar Gaara. Chiyo, com uma técnica proibida, a Tensei no Jutsu, e com a ajuda do chakra de Naruto/Kyubi, revive Gaara, morrendo no processo.

O Espião de Sasori

Quando voltam para Konoha eles fazem o relatório da missão para Tsunade e Sakura informa o que Sasori disse antes de morrer: Que ele tinha um espião no grupo do Orochimaru e iria se encontrar em ele em dez dias numa pote no país da Grama. Assim Tsunade decide enviar o time Kakashi para pegar o espião. Com Kakashi de cama após o esforço de usar duas vezes o Mangekyou Sharingan e com apenas dois membros no grupo, Danzou (líder da ANBU Ne) e Tsunade indicam um membro cada um para completar o grupo. Danzou indica Sai para repor Sasuke e Tsunade indica Yamato para repor Kakashi e para ficar de olho em Sai. Com o time completo, o novo time Kakashi sai para se encontrar com o espião de Sasori. Sai se declara uma pessoa sem sentimentos, falando para Naruto que ele é um idiota por se preocupar com um traidor, chamando de amigo aquele que tentou matá-lo. Sakura e Naruto não gostam dele, mas Naruto decide aceitar trabalhar com ele no grupo porque faria qualquer coisa para resgatar Sasuke,Sakura faz o mesmo. Eles chegam na ponte, e Yamato se disfarça de Sasori. Eles descobrem que o espião é Kabuto. Nessa hora Orochimaru chega. Kabuto demonstra estar com medo, mas tenta matar Sasori logo depois, dizendo estar do lado de Orochimaru, e assim revelando a identidade de Yamato. Orochimaru diz para os três ninjas que estão escondidos aparecerem e Naruto, Sai e Sakura vão para o lado de Yamato para enfrentar Orochimaru e Kabuto. Orochimaru se espanta ao ver que Yamato, seu experimento, está vivo. Ele diz que tentou ter o poder do Shodaime Hokage, o de controlar madeira e os Bijuus, e por isso fez uma experiência com 10 crianças, onde somente Yamato sobreviveu. Orochimaru, ao falar o nome de Sasuke, instiga a raiva de Naruto, que começa a liberar o chakra da Kyuubi, chegando a terceira cauda e perdendo a consciência. Depois Naruto acorda quando Sakura o está curando e eles Sakura e Yamato contam parte do que aconteceu, contando o resto conforme as situações vão surgindo: Quando provocado pelo Orochimaru; Naruto destruiu a ponte onde eles estavam. Orochimaru vai para a floresta e Naruto o segue. Na luta Naruto libera a quarta cauda, e vira uma mini-Kyuubi, destruindo a floresta em volta. A luta segue com Naruto, através do poder gigantesco da Kyuubi, utilizando de seu chakra para ataques, enquanto Orochimaru utiliza jutsus complicados e avançados. Orochimaru finalmente consegue derrubar Naruto com sua Kusanagi, jogando-o para longe, e Naruto caindo próximo de onde Sakura, Yamato e Kabuto estão. Apesar do ataque Naruto não ficou machucado, mas ainda assim teve de regenerar a parte perfurada. Sakura, vendo o estado de Naruto, pede para ele parar. Naruto, sem reconhecê-la, a machuca. Yamato tenta pará-lo com suas técnicas de madeira, porém não impede que Sakura receba um golpe. Yamato, com um jutsu especial, sela a Kyuubi, Sakura corre em direção de naruto chorando e começa a curá-lo enquanto esta fazendo isso pede para Yamato ensinar o jutsu para conter naruto. Ele diz que somente ele pode fazer esse jutsu, pois contem DNA do primeiro, Sakura diz que sempre faz a parte pequena pelo Naruto. Yamato diz que não importa o tamanho do que ela faz por ele e sim os seus sentimentos pelo Naruto.

Depois de descobrir o que aconteceu Naruto pergunta pelo Sai, no que Yamato responde que ele os traiu e se aliou a Orochimaru. Yamato conta os possíveis planos de Danzou, líder de Sai, de destruir Konoha. Yamato através do Mokuton Bunshin esteve com um clone de madeira acompanhando a luta de Naruto e Orochimaru, a conversa de Sai e Orochimaru, e está seguindo eles.

Sora, o Pseudo-Jinchuuriki da Kyuubi (Filler)

Sora com raiva de Tsunade tenta matá-la com uma Shuriken Gigante presa com um cabo de aço, mas Uzumaki Naruto percebe o ataque e salva Tsunade. Sora foge após Uzumaki Naruto ter frustado sua tentativa de assassinato, Uzumaki Naruto então começa a persegui-lo. Enquanto isso Furiido, Fuen, Fudou, Fuuka estão no portão principal, Fuen usa seu Ui Teppen para realizar o Kekkaimon Gofuu Jutsu: Hachimon Heijou para conjurar uma barreira que isola toda Konohagakure no Sato, e Fudou usa um Jutsu Doton que conjura todos os mortos (em forma de zumbis) da vila que eles dizimaram. Após todos os Shinobis de Konohagakure no Sato se dirigirem ao portão de entrada, o Time Furiido se dispersam, Fudou inicia sua revanche com Yamato, Fuuka vai atrás de Uzumaki Naruto para roubar seu Chakra Fuuton, e Fuen usa seu Ui Teppen para tentar matar Haruno Sakura.

Enquanto isso Furiido dá inicio ao verdadeiro ataque, ele ressucita os quatro Ex-Guardiões do Templo do Fogo renegados para que eles executem o Limelight, que destruirá tudo e todos em Konohagakure no Sato. Fudou ataca ferozmente Yamato com seus Jutsus Doton, mas Yamato desvia e contra ataca com seus Jutsus Mokuton e o mata com um ataque Mokuton após prende-lo na lodo que criou com seu Jutsu Suiton. Fuen tenta matar Haruno Sakura após tem certeza que a havia prendido em um Genjutsu, mas Haruno Sakura havia percebido o Genjutsu e mata Fuen com seu Taihou Sentou. Com a morte de Fuen e Fudou, os Jutsus de barreira e de conjuração de mortos-vivos acabam. Sarutobi Asuma luta contra seu ex-companheiro morto, Kitane um Ex-Guradião do Templo do Fogo também. E Fuuka usa seus ataques de combinação de elementos para matar Uzumaki Naruto. Enquanto isso Sora ao saber que Furiido matará todos em Konohagakure no Sato e não somente a Godaime Hokage, se revolta e ataca Furiido, mas esse rapidamente o derrota.

Sarutobi Asuma fica preso num Jutsu de barreira de Ex-Guardião do Templo do Fogo, Kitane, e esse se dirige para o norte de Konohagakure no Sato, para assim executar o Limelight. Enquanto isso Uzumaki Naruto consegue se livrar do ataque de Fuuka, e distraindo-a consegue acertá-la com uma Kunai, Fuuka usa seu Shiki Tenshin para se regenerar por completo. Uzumaki Naruto então se usa como isca para seus Kage Bushins acertar, com sucesso, Fuuka com um Rasengan, mas Fuuka se levanta como se tivesse vários anos de idade, e com seu Shiki Tenshin seu corpo vira pó (exceto seu cabelo) e retorna com seu corpo sem nenhum arranhão. Uzumaki Naruto então percebe que a cada golpe de elemento diferente que Fuuka dá, ela usa seu Shiki Tenshin, Uzumaki Naruto percebe então que ela troca de corpo a cada golpe e que a única parte que ainda é sua é o seu cabelo, e por isso que ela o protegia mais que seu corpo. Fuuka ataca ferozmente Uzumaki Naruto já que agora ele sabe seu segredo, nesse momento Uzumaki Naruto sente que Sora está em perigo e desmaia, Fuuka então tenta executar seu Shikkei Seppun mas Uzumaki Naruto corta os cabelos de Fuuka que entra em agonia e ataca Uzumaki Naruto com seus cabelos, prendendo-o, mas Uzumaki Naruto lembrando do treinamento de controle do seu Chakra Fuuton consegue partir os cabelos de Fuuka e posteriormente atacá-los com seu Rasengan, matando assim a única parte viva de Fuuka. Ao matá-la segue para ajudar Sora.

Sarutobi Asuma consegue se libertar ao quebrar a barreira com seu Aian Nakkuro, controlado pelo vento produzido por Sarutobi Asuma. Enquanto isso Furiido explica para Sora a origem do seu poder, há quinze anos quando a Kyuubi atacou Konohagakure no Sato, Furiido e outros coletaram parte do Chakra da Kyuubi e fizerem testes nesse Chakra da Kyuubi, e cinco anos após o atentado da Kyuubi, eles fundiram o chakra da Kyuubi com as células de uma criança, e essa criança é Sora, Furiido então diz que Sora é um Pseudo-Jinchuuriki, e que foi criado para ser uma arma.

Enquanto isso Nara Shikamaru, Yamanaka Ino, Rock Lee, Akimichi Chouji, Inuzuka Kiba e Akamaru se dirigem para encontrar Haruno Sakura e Yamato, para assim saberem o que está acontecendo. Sarutobi Asuma encontra Ex-Guardião do Templo do Fogo, Kitane e o mata com seus Aian Nakkuro, Furiido vendo que o Limelight falhou, desfaz a conjuração dos Ex-Guardiões do Templo do Fogo, e decide liberar o poder da Kyuubi que há em Sora liberando o selo que contem o poder, que começa a expelir o Chakra da Kyuubi sentindo uma enorme agonia, Uzumaki Naruto e Sarutobi Asuma chegam ao local e vêem Sora envolto do Manto da raposa Demônio, Sarutobi Asuma ao ver Furiido o reconhece, é Ex-Guardião do Templo do Fogo, Kazuma, o pai de Sora. Furiido explica o que fez com Sora e Uzumaki Naruto se sente culpado por não ter ajudado Sora, pois ele é o único que o entenderia, Sora começa liberar a primeira cauda, Sarutobi Asuma então começa a lutar com Furiido (Ex-Guardião do Templo do Fogo, Kazuma), nisso chegam Haruno Sakura e Yamato, Yamato tenta fazer com que o Chakra da Kyuubi regrida, mas não funciona, pois diferentemente de Uzumaki Naruto Sora não possui o colar de Senju Hashirama, Sora então começa a liberar mais duas caudas e quando ia atacar mortalmente Uzumaki Naruto, Nara Shikamaru, Yamanaka Ino, Akimichi Chouji, Rock Lee, Inuzuka Kiba e Akamaru chegam e realizam a formação Ino-Shika-Chou, mas ela de nada adianta perante o Chakra da Kyuubi. Sora fica furioso ao ver que Uzumaki Naruto tem amigos e ele não, Uzumaki Naruto então lhe diz que todos ali são amigos dele também, Sora muito agoniado por causa da trama de mentiras que o cerca e pela dor do Chakra da Kyuubi, explode em fúria.

Uzumaki Naruto então parte para cima de Sora, que ao sentir-se ameaçado lança uma grotesca, e destruidora, rajada de vento a partir de sua mão direita, Uzumaki Naruto é lançado longe pelo ataque, mas levanta-se recusando em acreditar que Sora perdeu a razão, Furiido enquanto isso regojiza-se ao ver que Sora não pode ser mais parado, Sarutobi Asuma furioso o ataca. Yamato com seu Mokuton no Jutsu cria diversas camadas de madeira para conter o Chakra da Kyuubi, mas de nada adianta, Uzumaki Naruto então surge em cima de Sora, que com uma cauda sua o enterra no chão, Nara Shikamaru, Yamanaka Ino e Akimichi Chouji tentam novamente conter Sora, mas eles só obtêm Akimichi Chouji com as mão queimadas, Haruno Sakura tenta curá-lo mas como foi o Chakra da Kyuubi que o atingiu de nada adianta.

Enquanto isso Sarutobi Asuma ataca indignado Furiido, pois não entende como um faz algo tão grotesco com seu próprio filho, e com seu Aian Nakkuru destrói o Cajado-Chicote de Furiido, esse então puxa de seu Kimono (Veste Nipônica) sua Garras. Uzumaki Naruto, Yamato, Inuzuka Kiba, Akamaru e Rock Lee tentam, em vão conter o poder de Sora. Na luta de Sarutobi Asuma e Furiido há uma discussão sobre quem é o verdadeiro rei, e Furiido demonstra que não possui nenhum instinto paterno.

Uzumaki Naruto fica catatônico ao ver todos seus amigos caídos ao chão, com seu Kage Bunshin segura Sora, mas todos os seus clones são desfeitos, e o original continua segurando Sora, com o Chakra da Kyuubi corroendo suas mão Uzumaki Naruto tenta acalmar Sora, mas de alguma forma Uzumaki Naruto libera o Manto da Kyuubi, começa então uma luta dos portadores do Chakra da Kyuubi. Durante a luta Sora libera a Quarta Cauda da Kyuubi, e Uzumaki Naruto começa liberar sua Quarta Cauda da Kyuubi, Haruno Sakura, Yamato, e os outros ficam agora inúteis perante a luta dos Jinchuurikis. Uzumaki Naruto criva em sua coxa um pedaço das Garras de Sora, e assim consegue controlar a libertação do Chakra da Kyuubi, voltando assim ao normal.

Sora enraivecido ia atacar Haruno Sakura, mas Uzumaki Naruto se interpõe na frente do ataque, pedindo para todos se afastarem, e prometendo que traria Sora de volta. Enquanto isso a luta entra Sarutobi Asuma e Furiido continua, Sarutobi Asuma promete que dessa vez não se arrependerá de matar Furiido, mas esse se camufla entre as pedras, mas um Shinobi (Ninja) misterioso surge e consegue prender Furiido em a uma árvore, era sai com seu Jutsu característico. Uzumaki Naruto tenta entrar na mente de Sora, apelando para ele se lembrar dos momentos de amizade que eles tiveram. Enquanto isso a luta entre Sarutobi Asuma e Furiido tem um fim com a vitória de Sarutobi Asuma e a morte de Furiido.

Sora em sua mente relembra os momentos em que Uzumaki Naruto o defendeu e ajudou, com isso Sora começa a extravasar o Chakra da Raposa de Nove Caudas, que segundo Yamato pode ser contido pelo corpo de Sora, Naruto para tentar trazer de volta Sora para a realidade acerta um fraco soco em sua cara. O Chakra da Raposa de Nove Caudas liberado toma forma da cabeça da Raposa de Nove Caudas.

Sora, totalmente queimado por causa da transformação, está caído ao chão, e Naruto, também queimado por causa da sua meia transformação, fala que Sora agora pode voltar para casa, Sora sem entender pergunta que casa, e Naruto lhe responde que é a Aldeia da Folha, mas Sora não acredita que a Aldeia da Folha irá lhe perdoar pelo que fez, mas Naruto diz que lutará com qualquer um que se opuser a Sora. Nisso aparecem Kiba Inuzuka, Ino Yamanaka, Shikamaru Nara, Chouji Akimichi, Rock Lee, Yamato e inclusive Sai dizendo que todos ali são amigos de Sora. No dia seguinte após se recuperar parcialmente se despede de todos na Aldeia da Folha dizendo que irá viajar pelo mundo, conhecer pessoas, e fazer amigos sem pressa, Haruno Sakura lhe diz que poderá voltar a Konohagakure no Sato quando quiser.

O Esconderijo de Orochimaru

Naruto, Sakura e Yamato seguem em frente quando Sakura cai no chão. Sakura mente, dizendo que Orochimaru fez isso. Yamato chama Naruto e escondido da Sakura conta que foi Naruto que a machucou. Naruto percebe o que aconteceu se lembra do que ele fez numa cidade onde estava tudo destruído. Yamato diz que se Naruto quer salvar Sasuke, ele tem que ver isso com seus olhos, não com os da Kyuubi; se ele quer proteger os amigos, ele deve usar sua própria força. Sakura rapidamente chama os dois, e mostra o álbum de Sai. Esse álbum, conclui Sakura, conta o passado de Sai. Segundo ela, Sai luta contra um ninja, o mata, rouba suas roupas e seu jeito. Eles percebem que o outro lado, do garoto de cabelos brancos, só poderia ser do irmão de Sai. Eles param a leitura do álbum já que Yamato avisa que seu Mokuton Bunshin chegou ao esconderijo do Orochimaru. Em frente ao esconderijo, Yamato dá para Naruto e Sakura uma cápsula. Ela envia a localização dela, respondendo somente ao chakra de Yamato. Sakura está confiante de que vai levar Sasuke de volta. Eles entram no esconderijo e encontram Sai. Sai diz que sua missão falhou, e conta que a missão dele envolve a destruição de Konoha. Sai é preso, mas Kabuto aparece e o liberta.Kabuto só não esperava ser preso com a ajuda de Sai, que diz fazer isso pela ligação de Naruto e Sasuke, que lembra a que tinha ele e seu irmão. Kabuto diz que Sasuke e está no final do esconderijo. Yamato e Sakura vão por um caminho e Sai e Naruto por outro. Sai pega seu livro de desenho e diz que Naruto lembra muito seu irmão, e ele se lembra de seu sonho que compartilhava com seu irmão. Rapidamente, ele faz um desenho seu e do seu irmão juntos e felizes, como ele queria, mas havia se esquecido. Ele se emociona, mas Orochimaru aparece e pergunta de que lado Sai está. Naruto diz que irá segurar Orochimaru, enquanto Sai deve ir atrás de Sasuke. Após lutarem contra Orochimaru, Naruto, Sakura e Yamato vão até onde estaria o quarto de Sasuke e encontram o lugar destruído, com Sasuke inteiro e Sai caído no chão. Sai diz que irá parar Sasuke, protegendo o vínculo entre Naruto e Sasuke. Sasuke desce e se prepara para matar Naruto. Sai tenta impedi-lo, mas não consegue. Sasuke se prepara para atacar o grupo com um novo jutsu, mas Orochimaru e Kabuto aparecem impedindo que ele use seu jutsu, e os três fogem.

A Missão da Akatsuki

De volta a Konoha, o grupo informa o relatório da missão para Tsunade, que diz que Uchiha Sasuke pode estar muito forte, treinando kinjutsus e usando drogas. Naruto Uzumaki, Haruno Sakura e Sai vão conversar com Hatake Kakashi. Kakashi diz que eles precisam ficar fortes, caso queiram salvar SasukeEle propõe um treinamento, mas diz que Naruto é o que mais se beneficiará com ele, ficando até mesmo mais forte do que o Kakashi, mas Asuma Sarutobi chega, e Kakashi pede para adiar a conversa. No treinamento Naruto usa seu Tajuu Kage Bunshin no Jutsu para criar vários clones de si mesmo e treinar com todos eles ao mesmo tempo, reduzindo muito o tempo necessário para aprender novas técnicas proporcionalmente ao número de clones criados, e o Naruto consegue criar muitos deles. Yamato foi chamado para ajudar no treinamento para controlar o chakra da Kyuubi pois com o grande número de clones e o intenso treinamento Naruto tende a perder o controle mais facilmente. Com o treino e depois de algumas dicas do Asuma, Naruto aprende a controlar seu elemento,o Fuuton. Com o controle elemental Naruto passa a tentar criar um novo jutsu, juntando a manipulação de forma do Rasengan com a manipulação elementar do Fuuton. Durante o treinamento Naruto tem a notícia de que Asuma morreu enquanto lutava contra uma dupla da Akatsuki,Hidan e Kakuzu. Com isso Kakashi passa a ser o líder do time de Shikamaru Nara,Ino Yamanaka e Chouji Akimichi, deixando Yamato para ser o líder do time de Naruto,Sakura e Sai. O melhor time para apoiar o time Asuma é o time do Kakashi, mas a condição para isso é que Naruto complete seu novo jutsu. Então Naruto passa a se esforçar ainda mais para dominá-lo. Com o jutsu já completado o time Yamato vai ajudar o time Asuma, chegando a tempo de salvar o time Asuma que estava lutando agora apenas contra Kakuzu, enquanto Shikamaru enfrentava Hidan em outro local. Sai e Sakura foram ajudar Shikamaru, e Naruto decide enfrentar sozinho Kakuzu. Com seu novo jutsu o Fuuton - Rasenshuriken, evolução do Rasengan, Naruto achava que podia derrotar Kakuzu, porém na hora em que ia atingí-lo o efeito do jutsu acabou e Naruto teve de ser salvo por Kakashi e Yamato, Ino observou que Naruto não havia mudado apesar de tudo. Naruto pede que deixem ele lutar com Kakuzu, pois quer superar a barreira existente entre ele e Sasuke, Kakashi permite. Kakuzu,depois de ver o jutsu uma vez,se prepara melhor para enfrentar Naruto. Ao enganar Kakuzu com seu Kage Bunshin no Jutsu,Naruto consegue acertar seu novo jutsu em Kakuzu o explodindo e acabando de uma vez com os três corações restantes.Todos ficam impressionados com a força de Naruto e Kakashi revela que nem com o Sharingan conseguiu acompanhar o jutsu de Naruto que termina exausto após atingir o inimigo e o derrotar. Após a luta com Hidan e Kakuzu, Naruto precisa ficar em repouso pois seu novo Jutsu tem um efeito destruidor inclusive em seu usuário. Durante sua recuperação Naruto passa mais tempo com Sai, Sakura Haruno e Kakashi Hatake.Tsunade explica que se Naruto continuar a usar seu novo Jutsu, o Fuuton - Rasenshuriken, futuramente não será mais capaz de usar Chakra.

O Reencontro com Yuukimaru (Filler)

Ao descobrir que Yuukimaru estava com ninjas de Otogakure no Sato, Naruto tira a conclusão de que Yuukimaru se aliou a eles por causa do que havia dito para ele e começa a procurar pelo garoto decido a levá-lo para Konoha, Guren percebe ele se aroximando através do Toomegane no Jutsu e decide encará-lo. Ao encontrá-lo Naruto pergunta a ela onde estava Yuukimaru e o que havia feito com ele, em resposta ela pergunta porque ele queria saber disso e ele diz que foi culpa dele Yuukimaru ter se aliado a ela e que iria levá-lo a Konoha de qualquer jeito, Guren afirma que Yuukimaru sempre esteve do lado deles e os dois começam a lutar. A batalha é interrompida pelo próprio Yuukimaru que aparece para eles e fala de Guren para Naruto, em resposta ele afirma que Orochimaru era uma pessoa cruel que usa pessoas como ferramentas para atingir seus objetivos e que uma pessoa que trabalha para ele não pode ser alguém decente. Ele fica na frente de Yuukimaru e ataca Guren com uma kunai, porém aquilo mostrou-se ser apenas um Suishou Bunshin e com a ajuda de Gozu ela foge com Yuukimaru, que volta a desmaiar por ainda estar sofrendo os efeitos colaterais do remédio.

O BijuuSanbi (Filler)

Guren parte para novamente enfrentar os ninjas de Konoha ao lado de Gozu e trava uma batalha contra Naruto, Shino, Sai e Kakashi, porém ela perde a batalha graças aos insetos de Shino que haviam desenvolvido uma defesa contra o Shouton e quase morre, mas é salva por Gozu que é atingido por um Chidori em seu lugar para permitir que Guren fugisse (mais tarde é revelado que ele continuava vivo).

Partida (Filler)

Quando Naruto acorda no meio da noite e percebe que Yuukimaru não está mais com eles, ele vai atrás dele e encontra algo brilhando num arbusto. Yuukimaru deixou para Naruto a camélia cristalizada que agora já não possuia mais nenhuma rachadura, e vendo isso ele chega a conclusão de que Guren havia sobrevivido e que Yuukimaru voltou para ela. Mais tarde, enquanto todos faziam o caminho de volta para Konoha, Naruto tem uma última visão de Yuukimaru, Guren e Gozu observando-os antes de partirem.

Atrás de Uchiha Itachi

Naruto,Sakura e Jiraiya se reúnem com a Godaime Hokage,Tsunade, onde ela lhes comunica sobre boatos que estão correndo, em que Uchiha Sasuke matou Orochimaru,Naruto não fica nem um pouco surpreso pois sabia que Sasuke não se deixaria dominar por Orochimaru.Naruto então propõe à Tsunade que se deve formar um grupo para ir atrás de Uchiha Itachi, e já que Konoha está em uma missão de ir atrás dos Akatsuki, e com isso também será possível encontrar Sasuke, que está a procura do irmão.Kakashi propõe a formação de dois times para compor uma equipe, um o Time 7 (composto no momento por Yamato, como líder, Sai, Sakura e Naruto) e o outro time composto por Kakashi, como líder, Hinata Hyuuga, Shino Aburame, Kiba Inuzuka com Akamaru.

Iniciando as buscas por Itachi, Kakashi usa seus Ninkens para separar o grupo e usar o faro dos cães para rastrear Itachi. Yamato, Naruto, Hinata e um dos Ninkens são atacados por Kabuto Yakushi, que traz um ‘’Bingo-Book’’ dos membros da Akatsuki, revela que Sasuke realmente matou Orochimaru, mas que ele (Kabuto) incorporou partes do corpo de Orochimaru, e segundo Hinata, seu corpo está 30% tomado por Orochimaru.Todos da equipe de busca se dirigem ao local onde ocorreu a batalha entre Sasuke e Deidara, onde Kiba consegue captar o odor de Sasuke. Nessa perseguição a equipe de busca é atrapalhada por partes de roupas com cheiro de Sasuke que foram deixadas para trás. Naruto usa então Tajuu Kage Bunshin no Jutsu para ampliar as buscas. Um dos clones de Naruto acha Itachi e o ataca, e este o prende em um Genjutsu.Durante o Genjutsu, Itachi pergunta o que Naruto faria se Sasuke resolvesse atacar Konoha, e Naruto responde que procuraria um jeito de salvar os dois.Um dos Kage Bunshins de Naruto encontra Sasuke e seu grupo, mas no caminho são interceptados por Tobi da Akatsuki.Naruto ataca-o com um Rasengan, mas o ataque passa por dentro de Tobi e não surte efeito.Naruto continua atacando sem surtir efeito novamente, enquanto Hinata acompanha a luta com seu Byakugan, todos agora começam a atacar Tobi e com todos eles acontece a mesma coisa, nenhum ataque surte efeito. Com nenhum ataque funcionando o grupo começa a atacar com os Hijutsus do Clã Aburame, Shino usa seus Kikais para atacar Tobi, mas também não funciona, Shino usa seu Hijutsu: Mushidama, mas Tobi escapa de alguma forma, e a situação faz Kakashi considerar que Tobi usou um tipo avançado de jutsu de espaço/tempo. No meio da luta Zetsu informa a Tobi que a luta entre Sasuke e Itachi acabou e que Sasuke ganhou. Com isso o grupo de busca descobre a luta entre Sasuke e Itachi e o resultado dela.Tobi se dirige para o local da luta, e Kakashi e Hinata, percebendo o Amaterasu de Itachi, guiam o grupo de buscas para o local da luta. Eles percebem que Tobi chegou antes deles e pegou Sasuke, mas quando chegam no local eles não conseguem seguir o rastro dos dois.

Morte de Jiraiya

Já em Konoha, Naruto é acordado por Gamabunta, Gamakichi, e Kakashi que lhe avisa que Tsunade quer lhe ver. Na sala da Hokage estão a própria, Sai, Sakura, Shizune, alguns sapos, dentre eles o Grande Líder Eremita da Montanha Myoboku, Fukasaku, que havia treinado Jiraiya. Inicia-se uma conversa sobre Jiraiya. Naruto se irrita com o jeito como estavam se referindo à Jiraiya, Fukasaku então fala à Naruto que Jiraiya havia falecido em batalha. Naruto entra em uma espécie de melancolia, depressão, relembrando seus momentos com Jiraiya.

Em Konoha iniciam-se agora pesquisas para decifrar a mensagem deixada por Jiraiya nas costas de Fukasaku: sendo ela interpretada inicialmente como: 9, 31, 8, 106, 7, 207, 15. Essa mensagem deixada por Jiraiya revela a verdadeira identidade de Pein. O Clã Nara e Shiho iniciam um reconhecimento de padronização para decifrar a chave do código, e Shikamaru começa a interrogar as pessoas sobre o significado daquela mensagem, Kakashi só reconhece um dos números, ’’106’’, e lhe diz que uma vez Jiraiya lhe comentara que Tsunade tinha ’’106 cm de busto’’. Sem obter informações relevantes Shikamaru busca a ajuda de Naruto, que precisou ser retirado da depressão antes de poder ser de alguma ajuda. Naruto percebe algo que ninguém havia percebido no código, o ’’9’’ não era um ’’9’’ realmente era uma letra ’’Ta’’ (a forma de escrita dos dois elementos na língua nipônica é muito semelhante). Shikamaru e Shino então percebem o código, com cada número significando uma página de um de seus livros e o Ta a letra que deve ser retirada. Então a mensagem se resolve: "O verdadeiro não está entre eles"

Treinamento nas Artes Eremitas

Olhos de Naruto

Fukasaku convida Naruto para treinar na Montanha Myoboku, mesmo local do treinamento de Jiraiya, para que Naruto treine nas Arte Eremitas (Senpou). Naruto aceita ir treinar com Fukasaku dizendo que se o Ero-Sennin havia conseguido ele também iria conseguir. Naruto e Fukasaku partem para a montanha Myoboku, o lar de todos os sapos, de uma maneira diferente: Naruto é invocado por Gamakichi, através do Bahagran no Jutsu. Naruto e Fukasaku chegam à Montanha Myoboku, um local com plantas enormes, e diversas estátuas de sapos de diferentes tamanhos e poses.

Na Montanha Myoboku, Fukasaku explica para Naruto a diferença entre Ninjutsu e Senjutsu: Ninjutsu utiliza a energia interna do Shinobi, ou seja, a energia espiritual (Chakra Normal) e a energia física (Estamina); por outro lado utiliza as mesmas energias, mais a energia exterior, a energia da natureza, o Chakra da Natureza. Fukasaku explica que se uma técnica utiliza Energia Espiritual, Energia Física e Energia Natural, ela é chamada de Técnica Prudente.

Para poder captar, absorver, a Energia da Natureza é necessário senti-la e direcioná-la. Quando o Shinobi se tornar um com a natureza ele será capaz de controlar a entrada e a saída da Energia da Natureza. Para que isso ocorra é necessário um treinamento diferente do que Naruto está acostumado, será preciso não mover um músculo, ou seja, entrar em meditação. Quando isto for feito o Shinobi será capaz de sentir a Energia da Natureza, e quando cessar completamente o seu fluxo como um animal e tornar-se um com a natureza o shinobi será capaz de direcionar a Energia da Natureza.

Naruto pergunta se não há um modo de acelerar o processo, e Fukasaku recorre a um método arriscado: o Óleo de Sapo Secreto da Montanha Myouboku. Esse óleo quando derramado na pele de um humano permite a entrada da Energia da Natureza no corpo, então progressivamente o ninja será capaz de senti-la e controlá-la. Porém, aqueles que não conseguem controlar toda Energia da Natureza, eventualmente começam a transformar-se em sapos, pois as três energias ainda não estão balanceadas, pois se houver muita Energia da Natureza o ninja começa a tornar-se um sapo, que são uma parte mais integrada com a natureza. Para evitar que Naruto vire um sapo Fukasaku possui um Cajado Sugador que pode retirar a Energia da Natureza. Jiraiya não conseguiu completar a técnica, pois no Modo Eremita ele ainda adquire uma forma semelhante a um sapo.

Naruto pergunta para Fukasaku se pode usar a idéia de Kakashi: utilizar os Kage Bushins para acelerar o processo. Mas Fukasaku explica que isso é um método ainda mais arriscado, pois se um dos Kage Bushins se transformar em sapo, Naruto conseqüentemente tornar-se-ia um sapo. Fukasaku então autoriza somente quatro Kage Bushins, número suficiente para que Fukasaku possa usar seu cajado se for preciso. Fukasaku explica também que somente ele e Jiraiya poderiam usar o Senjutsu, pois os dois possuem uma grande quantidade de Chakra, e o mais importante, a capacidade de nunca desistir.

Durante o treinamento Naruto começa a visualizar e a acumular a Energia da Natureza, vendo o progresso de Naruto, Fukasaku pede para Naruto tentar erguer uma das estátuas de sapos da Montanha Myoboku. Fukasaku pede para Naruto tentar primeiro usando apenas seu Chakra Normal, mas Naruto não consegue mover nem um pouco a estátua. Fukasaku pede para Naruto tentar de novo usando o Chakra da Natureza, e Naruto consegue erguer a estátua sobre sua cabeça e a joga no chão, Fukasaku diz que Naruto aprende mais rápido que Jiraiya.

Fukasaku diz para Naruto que até agora ele só conseguiu controlar o Chakra da Natureza utilizando o "Óleo Secreto de Sapo", e que o próximo passo seria formar o Chakra Sennin sem o auxílio do óleo, Naruto diz que ele está pronto e bem disposto, Fukasaku explica que quando se usa o Chakra Normal para utilizar um Ninjutsu o ninja fica exausto, mas o Senjutsu como utiliza a energia externa faz com que o ninja se recupere mais rápido. Fukasaku então dá ao Naruto o primeiro livro de Jiraya, aquele que contém sua alma e seu coração, o livro "Determinação Extrema – A História de Um Ninja".

-Naruto começa ler o livro deixado por Jiraiya, e se emociona ao saber que o protagonista se chama ‘'Naruto'’, e que ele é um grande ninja que nunca desiste. Após se emocionar, Naruto lembra de um período de seu treinamento durante seu exílio com Jiraiya, onde os dois conversam: Naruto conta para Jiraiya sobre Sasuke, que ele iria quebrar seus laços, para assim tornar-se mais forte, Naruto diz que nunca iria entender esse tipo de atitude. Naruto agora pergunta sobre Orochimaru, do por quê ele abandonou Konoha, e depois tentou destruí-la, Jiraiya lhe responde que é por que seus pais foram mortos quando criança, e com isso começou a pesquisar Kinjutsus para ressuscitá-los, Jiraiya também conta que assim como Naruto nunca conheceu seus pais, e conta esse fato para acabar com o ódio de Orochimaru pelo Mundo Ninja, afinal Orochimaru acreditava que Konoha e seus ninjas eram culpados pela morte de seus pais. Jiraiya diz que Naruto é um ótimo aluno, e que um dia iria mudar o mundo, mas com seu livro.

Naruto começa a sentir muita dificuldade em treinar sem o óleo. Naruto então pergunta por que ele não pode simplesmente levar um pouco do óleo com ele em uma garrafa, Fukasaku explica que fora da atmosfera da Montanha Myoboku o óleo evaporaria rapidamente.

Naruto consegue parar completamente seus fluidos como um animal, e então começa a absorver uma grande quantidade de Energia da Natureza, Fukasaku olha e diz que não acredita que ele chegou a esse nível sem utilizar o óleo. Naruto acaba de formar o Chakra da Natureza e seus olhos ganham o formato dos de um sapo (Modo Eremita), Fukasaku diz que ele ultrapassou Jiraiya por não ter se transformado em uma forma híbrida de homem e sapo ao entrar no Modo Eremita.

Naruto então começa o treino para usar o Chakra da Natureza em batalha, usando o Modo Eremita. Depois do treino Fukasaku considera que Naruto já dominou a formação do Chakra da Natureza, mas diz também que o Modo Eremita é arriscado para ser usado na batalha, pois o Modo Eremita de Naruto só dura 5 minutos e que se precisa de muito tempo para formar o Chakra da Natureza, e esse tempo em uma batalha é decisivo, por isso ele precisaria de um time lhe dando apoio.

Naruto fica desanimado ao saber que todo seu treinamento não seria útil em batalha, Fukasaku lhe diz que há um jeito de resolver esses riscos: Naruto deveria se fundir com Fukasaku (Fukasaku ficaria somente sobre o ombro de Naruto). Fukasaku explica que essa união serve para suprir as falhas, pois, enquanto um formaria o Chakra da Natureza, no caso o Fukasaku, o outro evitaria os ataques inimigos, no caso Naruto. Naruto e Fukasaku tentam fazer a fusão, porém quando Fukasaku entra em contato com o Chakra da Kyuubi é repelido com muita força, sendo jogado para longe. Fukasaku então diz que não há como eles realizarem a fusão, pois o Chakra da Kyuubi cria uma espécie de rejeição.

Naruto então tenta realizar a formação do Chakra da Natureza se movimentando, porém Fukasaku diz que é impossível acumular o Chakra da Natureza enquanto se movimenta. Porém Naruto insiste que continuará tentando mesmo assim, e então observa a mensagem deixada por Jiraiya nas costas de Fukasaku e comenta que aquilo era uma mensagem pessoal para ele, para que ele nunca desistisse, e Naruto diz não poderia ficar sem fazer nada e que continuará a treinar até encontrar uma maneira de superar o problema. Naruto então começa a treinar para acumular Chakra da Natureza enquanto se movimenta, porém esse novo treinamento para recuperar o tempo perdido se mostra mais difícil do que o esperado. Fukasaku comenta que eles estão testando algo nunca realizado, pois ninguém nunca acumulou Chakra da Natureza se movendo, que é como olhar para a esquerda e para a direita ao mesmo tempo. Naruto então se obtém uma idéia com a frase de Fukasaku para tentar resolver a situação: criar kage bunshins para que estes reúnam a Energia da Natureza nacessária enquanto Naruto se movimenta.

A Invasão de Pein

Naruto treina juntamente com Fukasaku quando é interrompido por um sapo da Montanha Myoboku que tem um comunicado à Fukasaku: o sapo que fora mandado até a Vila Oculta da Folha, Kousuke, havia sido morto. Após receber essa drástica notícia, Fukasaku deduz que deve estar acontecendo algo na vila, e então manda o sapo dar a notícia para Shima. O sapo então utiliza a fonte teletranportadora para chegar até Shima, que obseva a destruição completa da Vila Oculta da Folha. O sapo diz para Shima que Fukasaku então precisará de invocações, então utilizando o pergaminho dos sapos Shima realiza as seis invocações de uma só vez.

Shima invoca Gama Kichi, Gama Bunta, Gama no Katana, Gamaken, Fukasaku e Naruto, já no Sennin Mode. Ao chegarem no local Naruto não entende onde está, pois apareceram em um local completamente destruído. Gama Bunta pergunta onde estava o inimigo, Shima chega e Fukasaku pergunta por que ela não os invocou em Konoha, ela confirma que ali era Konoha, Naruto fica assustado, Naruto olha para todos os lados e GamaKichi pergunta porque ela confirma que ali era Konoha, Shima diz para darem uma boa olhada em volta do local. Eles percebem então que ali era mesmo Konoha totalmente destruída. shima diz que sabia de quem era a culpa de tudo aquilo pois tem a mesma sensação que teve quando esteve lutando ao lado de Jiraya, Naruto se enraivece e já encontra Pein. Diversas pessoas percebem que Naruto voltou e Fukasaku percebe que todos os Pein estavam ali. Pein Círculo das Bestas invoca os outros cinco corpos para a batalha, Tsunade enraivecida pelo que Pein fez a Vila da Folha avança sobre ele dizendo que como Hokage iria honrar aqueles Hokages que vieram antes dela, Pein Círculo de Deus diz que o único que ele deseja é Naruto e que ela já sabia um pouco do que qera a dor, então Pein Círculo dos Demônios avança sobre Tsunade, mas antes que pudesse chegar perto dela é destruido por Naruto com o Senpou - Rasengan. Naruto então diz que como Godaime Hokage ela não precisa lidar com esse tipo de gente e a diz para ir descansar e tomar um chá. Fukasaku diz que Naruto superou aqueles que vieram antes dele, seu mestre Jiraiya, e seu pai Namikaze Minato, o Yondaime Hokage, pois os dois aparecem nas costas de Naruto. Pein cita o nome de Naruto, e Naruto grita Vamos acabar logo com isso!!.

Naruto vs Pein

Como o Shinra Tensei foi utilizado com máxima potência, Pein Círculo de Deus está muito enfraquecido e irá demorar para poder atacar novamente, por isso manda Pein Círculo dos Fantasmas Famintos, Pein Círculo das Bestas e Pein Círculo dos Homens para o ataque. Naruto pede para Gama Kichi levar Senju Tsunade para algum lugar seguro, e pede para que os aldeões não interfiram na luta, pois será difícil lutar e protegê-los ao mesmo tempo. Tsunade pede para Naruto levar consigo Katsuyu, pois ela contém informações, Fukasaku então coloca Katsuyu no ombro de Naruto e ele e Shima pulam no pergaminho que Naruto carregava nas costas. Naruto pergunta para Tsunade se Kakashi está em uma missão fora da vila, pois no Sennin Mode ele pode sentir o Chakra de todos na vila e não está sentindo o de Kakashi, e devido ao silêncio de Tsunade, Naruto deduz que Kakashi está morto. Pein Círculo das Bestas invoca um Rinoceronte que inicia um ataque na direção de Naruto, mas esse agarra o Rinoceronte gigante pelo chifre e o lança com incrível força para o céu, Pein Círculo das Bestas agora invoca Dai Tsuyoki e Cerberus, mas Shima e Fukasaku utilizam o Senpou - Kawazu Naki para pará-los, e Naruto cria dois Kage Bunshins e molda em suas mãos dois Senpou - Oodama Rasengan, mandando-os para longe. Gamabunta, Gama no Katana e Gamaken saltam e cada um destrói uma das três invocações de Pein Círculo das Bestas, e as invocações somem. Vendo que invocações não irão funcionar, Pein Círculo dos Fantasmas Famintos parte para o ataque, Katsuyu avisa a Naruto que esse corpo de Pein absorve qualquer técnica que seja do tipo ninjutsu, Naruto diz que usará o Kawazu Kumite e parte para atacar, todos os outros Pein olham o ataque, Pein Círculo dos Fantasmas Famintos desvia do soco e Naruto da lâmina Nanchou Chakra Joutouhei feita por esse Pein, mas como Naruto está usando a Energia Natural seu ataque se torna mais abrangente e poderoso, tendo um alcance maior, e acaba por acertar Pein Círculo dos Fantasmas Famintos, nocauteando-o e matando-o. Pein entende e percebe que Naruto se tornou um sennin, assim como Jiraya-sensei, Naruto não entende e Pein explica que ele foi alunode Jiraya, e que ele e naruto poderiam ser capazes de compreenderem-se. gama Bunta, Gamaken e Gama no Katana matam as invocações e Naruto irritado então decide usar seu novo jutsu contra os corpos de Pein que na verdade é a versão completa do Fuuton: Rasenshuriken que ele desenvolveu enquanto estava na Montanha Myoboku, agora que o jutsu está completo ele consegue lançá-lo ao invés de ter de acertá-lo como um Rasengan normal, além de conseguir expandi-lo como quiser. Naruto faz dois Kage Bunshins e pede para Pein não fazê-lo rir, formando o Rasenshuriken. Naruto pede para Pein olhar o que ele fez, e como ele poderia chamar aquilo de paz. Pein epde para Naruto vir com ele pois a morte de Naruto traria a paz, e Naruto pede para não faze-lo rir de novo e lança o Rasenshuriken. Com isso ele tenta atingir todos os corpos de Pein, porém apenas destrói Pein Círculo dos Homens já que Pein Círculo das Bestas consegue se proteger e os outros dois corpos conseguem evitar o ataque. Pein Círculo das Bestas invoca o Pterodactylus, que tenta acertar Naruto com uma bicada, mas erra. Naruto pula e dá de cara com Pein Círculo das Bestas. Fukasaku e Shima percebem o Rasenshuriken, e Shima pergunta se Fukasaku tinha ensinado aquilo a Naruto, Fukasaku nega, e após Naruto lançar, os dois não entendem como Naruto conseguiu fazer um chakra branco tão denso girar em alta velocidade.

Naruto decide que deve destruir o corpo que faz as invocações e com a ajuda de Gama Bunta consegue eliminá-lo com o Senjutsu - Rasenrengan, dentro da boca do mesmo. Naruto percebe em seus pensamentos que mesmo no Sennin Mode, ele só pode aguentar dois Rasenshuriken. Aproveitando a chance Pein Círculo de Deus ataca Naruto, pois o Sennin Mode dele havia acabado, Gama Bunta protege Naruto e tenta matar Pein Círculo de Deus sem sucesso, porém Naruto havia deixado 2 Kage Bunshins coletando energia natural na Montanha Myoboku, Naruto correcom o pergaminho que tinha nas costas, e o dá a Fukasaku, e Fukasaku invoca um deles usando o pergaminho que Naruto havia trazido para a batalha por meio do Gyaku Kuchiyose no Jutsu. Naruto e Pein trocam socos, mas Gamabunta pede para que Naruto saia e que era para ele cudiar disso, Naruto desfaz o clone e assim que a energia natural é transferida para seu corpo ele volta ao Modo Sennin e dá um chute em Pein Círculo de deus, lançando um Fuuton: Rasenshuriken em Pein Círculo de Deus, porém este é absorvido por Pein Círculo dos Fantasmas Famintos que havia voltado a vida por meio do jutsu de ressurreição de Pein Círculo dos Demônios. Naruto percebe que deve destruir o corpo que ressuscita os outros primeiro e para isso finge lançar outro Fuuton: Rasenshuriken, porém se tratava do verdadeiro Naruto usando Henge no Jutsu, e quando Pein Círculo dos Fantasmas Famintos tenta absorver o jutsu ele se revela e o derruba no chão, com o corpo que absorve jutsus ocupado Naruto lança mais um Fuuton: Rasenshuriken em Pein Círculo de Deus, porém o ataque é desfeito pelo Shinra Tensei, enquanto isso outro clone destrói Pein Círculo do Inferno usando o Rasenrengan. Naruto (clone) então se volta a Pein Círculo de Deus, este percebe que o clone já havia se escondido na fumaça e se preparou para atacar, quando o verdadeiro Naruto ia matar Pein Círculo dos Fantasmas Famintos, Pein admite que ele esta ficando dificil de derrotar em sua mente e usa seu Shinra Tensei para jogar os dois Narutos longe (destruido o clone) do Círculo dos Fantasmas Famintos, logo após isso Gama Bunta, Hiro e Gamaken atacam Pein Círculo de Deus, que se desvia com seu outro corpo facilmente. Naruto se pergunta que jutsu foi esse e Katsuyu explica que esse é o poder principal dos Pein, ela explica a Naruto que foi o poder de Pein Círculo de Deus que destruiu a vila, mas ela diz que a única probabilidade deste Pein não ter usado o jutsu foi que parece que quanto mais forte ele usa o jutsu mais tempo demora para ele usar de novo, Naruto então entende que foi por isso que ele não usou o jutsu no começo da batalha e fica sem saída pois não pode usar ninjutsus ou taijutsus, mas Katsuyu notifica que de acordo com Akimichi Chouji a um intervalo de 5 segundos para Pein Círculo de Deus usar seu poder de novo e diz que é nesse meio tempo que ele deve acerta-lo.

Naruto acha o tempo muito curto para atacar e Fukasaku diz que o único jeito de pega-lo é utilizando genjutsus, mas Naruto fica preocupado, pois não sabe usar genjutsu, Fusakasu diz que ele e Shima iram usar e durante a conversa Pein Círculo de Deus utiliza novamente seu Shinra Tensei e joga Gama Bunta, Gama no Katana e Gamaken muito longe e as quedas os deixam insconcientes deixando Naruto nervoso e preocupado com os três. Os três quebram vários ossos. Fukasaku diz que para utilizar o Genjutsu ele e Shima terão que acumular uma alta quantidade de Chakra Sennin, ou seja, demorara um pouco até eles poderem utilizar o jutsu, Naruto diz que ele tentara utilizar o intervalo de 5 segundo do Shinra Tensei de Pein Círculo de Deus e diz para eles utilizarem o genjutsu assim que puderem, mas Fukasaku adverte que Naruto só possui mais um clone para focar chakra Sennin e só terá mais cinco minutos para vencer de vez Pein, Shima fala que foi brilhante a idéia de deixar clones absorvendo energia natural, mas pergunta por que Naruto não fez mais. Fukasaku explica que uma pessoa não pode olhar para esquerda e direita ao mesmo tempo, pois juntar energia natural é difícil e Naruto só conseguiu fazer dois. Naruto também diz que só consegue manter três clones lutando com ele e se fizer mais um acaba interferindo a acumulação de chakra sennin fazendo Shima compreender e dizer para eles acabarem logo com isso. Pein Círculo de Deus e Pein Círculo dos Fantasmas Famintos olham os quatro corpos destruidos e Pein Círculo de Deus admite que Naruto foi o único que deu mais trabalho para os Pein por ser realmente muito forte, ele decide lutar a sério e terminar de vez com a luta e usa o Banshou Tenin e atrai Naruto que é acertado e capturado por Pein Círculo dos Fantasmas Famintos, Fukasaku (pensando) pede que Naruto agüente um pouco mais, Pein Círculo de Deus diz que não matara Naruto por ele ser o mais valioso Jinchuuriki e por ter o privilégio de ser um novo hospedeiro de Pein. Naruto não se intimida com a ameaça e diz que não deve subestimá-lo, mas quando ele ia atacar o Círculo dos Fantasmas Famintos começa a sugar o chakra Sennin de Naruto e este ao perceber acaba sendo tarde demais e o Sennin Mode acaba o deixando fraco. Pein, triunfante diz que a Kyuubi no Youko foi capturada.

Naruto continua resistindo, mas Pein Círculo de Deus fala para ele desistir, Naruto olha para o lado e percebe que Shima e Fukasaku estão quase terminando e tem uma ideia, aproveitando que esta imobilizado começa a absorver muito chakra sennin, após isso Pein Círculo dos Fantasmas Famintos que estava absorvendo a energia de Naruto começa a se transformar em sapo, então Naruto exclama "A energia natural não é tão fácil de controlar, sabia?", este Pein então se transforma em sapo por completo, após isso vira pedra, e Naruto facilmente se livra dele quebrando seus braços, Pein fica surpreso por isso e Fukasaku percebe que como o Círculo dos Fantasmas Famintos não conseguiu dominar todo o chakra acabou no estado que está. Naruto diz que sobrou apenas um Pein, mas este diz que não é o único, Naruto não entende e Katsuyu explica que os Peins são controlados por alguém que está escondido em algum lugar. Fukasaku e Shima finalmente conseguem acumular energia natural suficiente e tentam atacar o Pein Círculo de Deus com o Genjutsu Eremita, este percebe e usa o Banshou Tenn'inn que faz Fukasaku ir ao encontro de Pein que aponta sua lamina negra em direção do sapo, Naruto tenta impedir, mas acaba sendo tarde. Pein afirma já ter visto esse golpe antes e transpassa o pequeno sapo com uma espada, Naruto explode de ira e Shima olha seu marido morto e fica horrorizada, Naruto tenta acertar Pein com um soco, mas este joga o corpo de Fukasaku em direção de Naruto e este se desequilibra. Rapidamente Pein usa o Basho Te'in e atrai Naruto a sua mão fazendo o corpo de Fukasaku cair no chão e Shima começa a chorar de perda e ódio. Após isso Pein esgana Naruto e o joga no chão, após isso perfura a mão do jinchuuriki com a lamina negra e transpassa as mãos do mesmo no chão com a mesma arma fazendo Naruto ficar exausto temporariamente. Naruto grita de fúria e pergunta por que Pein esta fazendo isso, este diz que quando seu plano estiver concretizado tudo ira se esclarecer, Naruto continua sem entender, Pein então diz que tem algo a contar a ele.

Pein explica que seu objetivo é fazer algo que nem mesmo seu sensei Jiraiya pode fazer, é usar a Justiça para se ter a Paz. Naruto então diz que ele só pode estar brincando com isso e começa a gritar falando que mesmo depois de tudo que Pein fez com Konoha e com os seus amigos ele ainda fale em paz. Pein então olha Naruto e pergunta o que ele quer, Naruto então grita que ira matar Pein trazer a paz ao mundo dos ninjas, Pein se sente admirado ao ouvir isso, mas também fala que sofreu do mesmo jeito que Naruto, pois sua vila, seus amigos e sua família também foram destruídos. Pein então pergunta a Naruto se somente os ninjas de Aldeia da folha tem direito de falar em paz e justiça, Naruto não entende o que Pein quer dizer, este então explica que com o aumento dos países das vilas principais as guerras no passado foram aumentando, se não seus países morreriam de fome e os países menores acabavam sendo receptáculos das guerras, cada guerra fazia os países menorem caírem mais e mais até que as Cinco Grandes Nações se estabilizaram, mas deixaram os outros países extremamente fracos e pobres. Pein então fala que ele e Naruto são iguais e possuem as mesmas idéias, mesmo em circunstâncias diferentes e diz que do mesmo jeito que usou a justiça para destruir Konoha, Naruto quer usar essa justiça para matá-lo. Naruto fica extremamente inerte ouvindo tudo, Pein fala que ambos sentem a mesma dor e os mesmos possuem suas próprias idéias do que é justiça, mas a justiça de ambos se transforma em vingança o que a torna maligna e se torna uma corrente de ódio, sabendo disso os ditos ninjas podem ver o passado e predizer o futuro, Pein se lembra então de quando seus pais foram mortos e diz que o único jeito de se compreender, é que as pessoas do mundo ninja jamais vão entender esse pensamento. Pein então pergunta se Naruto pode encarar o Ódio para se construir a paz, Naruto não responde e Pein insiste e quer ouvir sua resposta. Naruto então fala que não sabe o que dizer. Nagato revela por Pein que ele foi o verdadeiro fundador da Akatsuki e só a criou para acabar com o ódio, mas para isso ele precisa dos Nove Bijuus para poder destruir um país inteiro em menos de um instante, Naruto se assusta ao ouvir isso e Pein fala que somente depois do mundo todo conhecer a Dor e o Medo haverá Paz, Naruto diz que isso é mentira, pois a verdadeira paz não é isso, mas Pein fala que as pessoas são estremamente estupidas e se não fizer isso não haverá nenhuma paz, pois mesmo depois da dor se curar os países voltaram a lutar e então Pein fala que dara sua arma aos países e só depois do verdadeiro holocausto de verem a dor pararam de guerrear. Naruto fica estremamente horrorizado ao ouvir aquilo e no final do mangá, o verdadeiro corpo de Nagato finalmente se mostra estando totalmente preso a uma espécie de maquina que transmite seu chakra para Pein Círculo de Deus na mais alta montanha de Aldeia da folha dizendo que só assim que seu desejo for feito todos conheceram a paz através da Dor, Nagato então começa a tossir sangue por usar demais seu chakra e Konan pede para ele não exagerar. Nagato fala que consegue ver a Paz se aproximando.

Pein então retruca Naruto dizendo que sua paz não é uma mentira, Naruto então se lembra dos tempos que passou com Jiraiya e fala o mesmo que seu sensei, que ele acredita que um dia todos iram se entender, Pein debocha Naruto, dizendo que a única coisa que Naruto faz é falar e nada mais, ele então enfia varias estacas negras em diversas partes do corpo de Naruto e fala que a morte dele trará a paz, Naruto sente o chakra de Pein em seu corpo e tenta se mexer, mas é inútil, pois Pein acertou todos os pontos necessários para se mover, Shima grita para Naruto não desistir, pois se fizer isso não o perdoara, pois Jiraiya e Fukasaku deram suas vidas pela Criança Destinada, Pein então usa o Basho Tenin e joga Shima longe, fazendo Naruto se enfurecer. Quando Naruto está para ser capturado definitivamente por Pein, surge Hyuuga Hinata que tenta acerta-lo, mas Pein se desvia e se admira vendo o reforço. Naruto, desesperado, manda Hinata sair de perto e fugir, que ela não vê páreo para Pein. Hinata então, diz que não saira dali, ela revela então que sempre quis superar Naruto, mas na realidade só queria estar com ele e ela não liga de morrer por Naruto porque o ama, fazendo este fica surpreso. Hinata então parte para o ataque, mas Pein desvia de alguns golpes e quando Hinata ia acertá-lo com seu taijutsu maximo: Juho Shoshiken, Pein usa novamente o Shinra Tensei com potência quase máxima e esmaga Hinata no chão, ela acaba desmaiando e Pein finaliza ela com um corte na garganta, Naruto manda ele parar e Pein se afasta do corpo de Hinata, Pein então diz que isso o faz lembrar de quando seus pais foram mortos por ninjas de Konoha e diz que quando a corrente do amor vira ódio a pessoa conhecera a Dor, Naruto vendo Hinata caída entra numa fúria nunca antes vista por sentir uma emoção que jamais teve e libera uma imensa quantidade de chakra da Kyuubi se transformando na mini-kyuubi com quatro caudas, Pein pergunta se Naruto o odeia e este libera mais duas caudas ficando com Seis Caudas fazendo aparecer o exoesqueleto da Kyuubi e se fixar em seu corpo, Pein tenta argumentar com Naruto só que a Kyuubi grita de fúria, Pein então diz que embora a dor de Naruto seja grande, a dele é maior.

Colar do Shodaime hokage Senju Hashirama

Naruto-Kyuubi começa a enlouquecer devido o Kyuubi no Fuuin aplicado por Yamato impede ele de se mover devido as inúmeras cordas imensas de chakra branco vindo de seu pescoço, Pein olha aquilo surpreso, mas a Kyuubi(e o próprio Naruto) querem ver Pein morto e então a Kyuubi agarra o colar do Shodaime Hokage de Naruto e o destrói terminando com o jutsu. Naruto-Kyuubi ataca Pein, e este usa seu Shinra Tensei para se proteger, porém a Kyuubi fixa quatro de suas seis caudas no chão e começa a intensificar sua energia gigantesca rindo de Pein, fazendo o Shinra Tensei ser refletido devolta para Pein, jogando-o longe, Pein percebe que a Kyuubi já conhece seus movimentos. Naruto-Kyuubi começa a formar um gigantesco Bijuu Rasengan, mas Pein então usa seu Banshou Ten'in e atrai Naruto, porém a Kyuubi mira seu golpe e atinge Pein quase que em cheio destruído outra parte de Konoha. Pein se levanta dos destroços totalmente ferido e vê a Kyuubi se levantar novamente sem nenhum arranhão, Pein se impressiona vendo que o poder da Kyuubi é incrível. Pein percebe que se continuar lutando ira perder, pois o poder da Kyuubi é imensamente grande e então começa a afastar Naruto para longe da vila, Nagato então vendo que o Círculo de Deus esta longe o suficiente de Konoha, através de Pein, ele da início a sua técnica Chibaku Tensei.

Pein então lança uma pequena Orbe em direção de Naruto/Kyuubi, ao atingi-lo um pedaço da região começa subir e envolver Naruto/Kyuubi que se debate como louco e lança um Bijuu Rasengan, porém só explode um certo perimetro e de repente a Kyuubi para de se debater dentro da pequena lua formada de terra e pedra, e abaixo uma imensa cratera, Pein olha aturdido vendo que capturou finalmente as Nove Caudas, Naruto em sua consciência, começa a se lamentar por não conseguir parar Pein e de repente a Kyuubi fala com Naruto, de repente explode-se mais outra parte da lua. Naruto em sua consciencia, começa a pedir ajuda, pois não sabe oque fazer e olha para onde a Kyuubi esta mantida, a Kyuubi atende o desejo de Naruto e então o selo na barriga do mesmo começa a aparecer, além de se expandir começa a sangrar, quando menos se espera Naruto fica meio possuido pela Raposa e esta fica feliz com esse ocorrido. Violentamente, a Kyuubi solta mais um rugido e Pein não acredita no que vê, a Kyuubi agora esta com suas Oito Caudas liberadas e com sua transformação quase completa já que seus musculos emergem de sua pele, destruindo e anulando o Chibaku Tensei. Nesse meio tempo as Nove Caudas da Kyuubi se soltam completamente, porém sua transformação não é mostrada.

Shiki Fujin

O Yondaime Hokage Aparece

Naruto, quase totalmente dominado, começa a ser atraído pela Kyuubi, que está tentando fazer Naruto retirar de vez o selo, quando Naruto estava prestes a liberar o selo é surpreendido pelo espírito do Yondaime Hokage que o arrasta para longe do selo. A Kyuubi fica surpresa e enfurecida ao ver seu selador e Naruto fica surpreso. Yondaime explica que o selo do Shiki Fuujin foi configurado para que o espírito do Hokage aparecesse quando mais de Oito Caudas fossem liberadas, mas também fala que nunca quis que isso acontecesse pois não queria ver a Nove Caudas outra vez e revela que mesmo assim queria que acontecesse pois assim teria a chance de ver seu filho crescido, Naruto Uzumaki, mesmo através dessas circunstâncias, fazendo Naruto ficar espantado ao ouvir isso.

A Kyuubi grita em fúria querendo rasgar seu selador, mas Minato fala que não iria realizar o desejo dela e pergunta se isso faz sentido para Naruto, este fica surpreso por Minato saber seu nome e pergunta como ele sabe. Minato então fala que foi ele mesmo que deu esse nome a Naruto, porque ele é seu filho. Naruto fica atordoado com a resposta e a Kyuubi grita em fúria, Minato confirma que Naruto é seu filho, Naruto emocionado começa a chorar de alegria. A Kyuubi novamente começa a gritar de fúria por ver Minato e este fala que o Bijuu é realmente muito irritante e, fala para irem a outro lugar. Com um estalo eles vão para outro lugar do inconsciente de Naruto, este continua a chorar. Minato então revela que o Sandaime Hokage (Hiruzen Sarutobi) também sabia que Naruto era filho do Quarto Hokage, mas ele apenas não revelou a Naruto porque queria manter em sigilo o máximo de informações possíveis, pois se soubessem que Naruto era filho do Quarto, ele viveria em constante perigo. Minato então pede perdão para Naruto, este então o chama de pai pela primeira vez e de repente da um soco no peito de Minato que não esperava e recua alguns passos, Naruto grita chorando perguntando o porquê de seu pai ter selado a Kyuubi nele, pois foi muito difícil de viver com isso, Naruto não sabe o que sentir a agora que sabe a verdade, Minato então pergunta quantos anos Naruto tem e este fala que tem 16, Minato fica espantado e supõe que seu filho passou por vários problemas, ele então pede desculpas, mesmo que não possa pedir desculpas como pai, pois só causou dor a Naruto, mas este fala que como é filho do grande Quarto Hokage pode suportar isso, fazendo Minato rir.

Minato revela que ele selou a metade do chakra da Kyuubi em Naruto porque tinha fé que seu filho pudesse usá-lo e controlá-lo, ele também revela que necessitava selar a Kyuubi em Naruto porque descobriu que quando o Bijuu das Nove Caudas atacou a vila há dezesseis anos, ele descobriu que alguém estava por trás do ataque da Kyuubi, pois alguém estava manipulando-a, um shinobi com um grande poder anormal que ninguém (e nem mesmo ele poderia lutar com o próprio) e termina dizendo que acredita que o mesmo homem iria atacar a vila novamente. Naruto diz que Konoha já está completamente destruída, Minato diz que já sabe disso e também sabe que Jiraiya, seu mestre foi assassinado, Naruto fica surpreso e diz que deve ter sido Pein que controlou a Kyuubi, mas Minato diz que não foi Pein, Naruto então pergunta quem foi, Minato responde que foi um membro da Akatsuki que usa máscara, Naruto percebe que foi Tobi, o novo membro da Akatsuki. Minato então revela que na noite em que a Kyuubi atacou, ele encontrou o membro da Akatsuki e tentou vencê-lo, porém o inimigo viu através de cada jutsu que ele usou, ele então revela que o inimigo de máscara não é uma pessoa, nem um shinobi comum. Minato diz que tem certeza que Pein está sendo usado por esse homem, mas Naruto diz que Pein também tem uma rixa pessoal com Konoha, já que a Vila Oculta da Chuva foi destruída certa vez pela vila de Konoha no passado.

Minato concorda com que Naruto disse e diz que o homem mascarado tirou vantagem disso. Naruto não entende como Pein pode estar sendo usado e pergunta que se há alguém por trás do ataque ocorrendo a vila naquele momento. Minato fica silencioso por alguns momentos e diz que enquanto o Sistema Shinobi Atual existir nunca haverá paz, ele comenta a pergunta que Pein fez a Naruto e diz que única solução para pergunta ainda é uma longa jornada para se achar a resposta, ele então diz a mesma coisa que Pein falou para Naruto, mas do jeito certo: que as guerras surgem do desejo de proteger aquilo que é precioso para eles, pois enquanto houver amor, haverá ódio e o ódio direciona até certo ponto a vida dos shinobis, Minato então termina sua frase dizendo que enquanto esse sistema atual existir sempre nasceram inimigos ou seres como Pein. Minato revela que embora Pein seja o assassino de Jiraiya, ele acredita que Jiraiya foi morto pela desordem que criou Pein e não pelo mesmo. Minato então diz que ser shinobi é estar em constante luta com o ódio, pois é uma batalha que todos ninjas teram que passar, Jiraiya deixou a missão a Naruto de responder a pergunta que Pein fez a ele, mas mesmo assim Naruto diz que não podera perdoar Pein por tudo que ele fez, Minato sabe disso e então Naruto pergunta o que ele deve fazer, ele então responde que essa resposta Naruto terá de descobrir sozinho pois nem mesmo ele sabe também. Naruto fica nervoso e pergunta como irá resolver uma coisa que nem o maior eremita pervertido do mundo (Jiraiya), e o considerado maior Hokage da história de Konoha (Quarto Hokage) conseguiram resolver, Naruto continua gritando dizendo que é loucura uma pergunta como essa, pois ele admite que nunca foi muito inteligente, nem um grande Shinobi, mas antes que termine de falar seu pai coloca sua mão na cabeça de Naruto.

Minato diz que Naruto tem esse poder de resolver a pergunta e sorrindo diz que confia em seu filho, Naruto fica surpreso ao ver que o Quarto Hokage, seu pai, confia nele para resolver o enigma, Minato então fala que a situação chega a esse ponto a única coisa a fazer é acreditar em seus filhos, pois é o que os pais fazem. Minato então diz que terá de partir em breve, pois ele está sentido seu chakra começar a desaparecer, ele então coloca sua mão na barriga de Naruto e diz que irá refazer novamente o selo, mas esta seria a última vez, em um segundo os 5 pontos do selo (o Shisou no Fuuin, Shiki Fuujin e o Hakke no Fuuin Shiki) de Naruto se refazem. Minato então começa a desaparecer e diz que Konoha pode ser reconstruída, contando com Naruto e por fim desaparece. Naruto então com sua Determinação do Fogo recuperada agradece seu pai.

O Confronto Final - A Determinação do Fogo vs A Divindade do Maior Doujutsu

Pein não acredita que a Kyuubi se libertou de seu jutsu supremo e admite que o Bijuu tem mais poder do que ele imaginava, ele então tenta contê-la com mais um jutsu, porém percebe que a Kyuubi ficou quieta. Uma imensa fumaça aparece perto da Kyuubi, ela é forçada a retornar a Naruto devido aos selos terem se reconstituído. Pein percebe que o Bijuu desapareceu e no lugar dele aparece Naruto, no Modo Eremita embaixo da esfera criada pelo Chibaku Tensei olhando fixadamente para ele. Mostrando que sua hesitação desapareceu e que está preparado para pôr um fim na luta de vez. Pein acedita que Naruto aprendeu acontrolar a Kyuubi.

Pein fica surpreso ao ver que Naruto conseguiu retirar a Kyuubi do caminho, de repente, Nagato começa a enfraquecer devido ao uso excessivo de chakra e começa a tossir muito sangue, Konan fica desesperada ao vê-lo naquele estado. Naruto percebe que devido à sua transformação em Kyuubi, seus Kage Bunshins desapareceram. Devido à sua fraqueza o Chibaku Tensei desmorona para o buraco criado, o repreendendo e Naruto escapa da queda, vendo Konoha destruída, Naruto começa a pensar que destruiu tudo, porém Katsuyu aparece dizendo que ninguém foi ferido e Naruto chora. Pein em seus pensamentos fica surpreso com o poder de Naruto, pois conseguiu sobreviver e superar o Chibaku Tensei, já estandono Modo Sennin. Este diz que parece que esta tudo acabado, pois agora Naruto entendeu o que significa dor, pois se uma pessoa não compartilha suas dores jamais ira entende-la, mas mesmo que Naruto tenha entendido não poderá tira uma conclusão, pois essa é a verdade e diz que tudo isso não é nada comparado a ele que fica perseguindo Uchiha Sasuke. Naruto então diz a Pein para levá-lo ao seu corpo verdadeiro, pois quer falar com ele cara a cara, Pein fica aturdido e então tira um sarro e diz que Naruto é igual à Konoha e Jiraiya: todos são convencidos, mas diz que agora as conversas terminaram, pois nada que Naruto disser vai ajudar, Naruto insiste em ver o verdadeiro corpo de Pein, mas este diz que no modo eremita Naruto é capaz de usar apenas dois rasenshurikens e só depois ele volta ao normal, não podendo mais entrar no modo eremita.

Naruto então diz que supõe que Pein ira lutar a sério com ele, Pein então diz que se Naruto perder vai espancá-lo até a morte e levá-lo para Akatsuki. Naruto sem escolha diz que terá de achar o verdadeiro corpo de Pein sozinho, Katsuyu pergunta como e Naruto diz que tem uma idéia. Pein então o ataca e tenta perfura-lo com sua lamina negra, Naruto agarra a lamina e logo depois da um poderoso chute no estomago de Pein que sai voando e se esborracha na parede de uma pedra próxima do buraco criado pelo Chibaku Tensei, caindo no chão em seguida. Com o chute, a lamina foi quebrada e Naruto então enfia a lamina no braço, com isso consegue detectar onde o verdadeiro Pein está: na mais alta montanha perto de Aldeia da folha, pois no modo eremita ele pode sentir Chakra a sua volta, assustando Nagato que não esperava essa atitude. Naruto então fala que finalmente achou o verdadeiro Pein, este o xinga de bastardo, mas Naruto não liga e cria mais dois Kage Bunshins, então prepara o Fuuton - Rasenshuriken e joga outra bomba de fumaça, Pein então ironiza em seus pensamentos, pois não será mais subestimado pelas bombas de fumaça e ao ver o Rasenshuriken em sua direção, utiliza novamente o Shinra Tensei para bloquear a técnica, mas usou sua técnica em vão pois embora atingiu o alvo, uma segunda Rasenshuriken das Sombras foi mostrada deixando Pein apavorado. Naruto então diz que um intervalo de 5 segundos pode ser letal.

Pein continua apavorado, de repente dois Kage Bunshins disfarçados de pedra aparecem e tentam agarra-lo, porém Pein enfia duas estacas negras nos clones e em seguida os usa para pular muito alto e escapar do Rasenhuriken das Sombras de Naruto. Pein então percebe que ainda faltam 3 segundos para poder usar o Shinra Tensei, mas não esta preocupado, pois viu que o modo eremita de Naruto terminou.Do nada, ao redor da pequena montanha onde Pein é rodeada do Tajuu Kage Bunshins que estavam disfarçados de pedras ao redor de onde Pein estava, este fica em desespero pois não esperava isso, quando a maioria dos clones iam atingir Pein, o tempo de intervalo acaba e Pein usa com potência total seu Shinra Tensei, explodindo alguns clones, porém o verdadeiro Naruto se põe na frente e os outros o empurram para ele não ser repelido, Pein diz que aqueles que não encontram uma resposta para sua pergunta devem desistir e diz para Naruto desistir da luta, pois é inevitável que ele perca. Naruto então suporta a carga total do Shinra Tensei lembrando das frases ditas por Hatake Kakashi quando treinavam a natureza do chakra vento, de Jiraiya durante seus três anos de treinamento com ele e a de seu pai, Yondaime Hokage em sua consciência: que todos confiavam nele e acreditam que ele possa achar a resposta de Pein, este então cai no chão pois não poderá usar o Shinra Tensei por um longo tempo, mas percebe que como Naruto não esta muito perto dele, não poderá atingi-lo.

Com uma fúria sem limites, Naruto com 2 clones ajudando, enquanto um forma um Rasengan, o outro impulsiona seu eu verdadeiro. Naruto então Grita para Pein: "Desista você…" e é arremessado por seus clones em direção a Pein. Este pela primeira vez altera sua face apavorado ao ver Naruto indo a sua direção rapidamente terminando sua frase: "De pensar que eu vou desistir!!!" e acerta com toda sua força o Rasengan em Pein Círculo de Deus, o destruindo, mostrando sua ultima Resposta - Destrui-lo com o Rasengan que Jiraiya o ensinou terminando a luta, mostrando que a vitória é de Naruto.

Naruto após o uso do Rasengan, Pein urra de dor e é arremessado muito longe, se espatifando na rocha gigantesca totalmente destruído internamente, Naruto cai no chão também e fica parado durante alguns momentos. De repente aparece ao lado de Pein Círculo de Deus e começa a retirar seus transmissores de chakra (piercings), Naruto então diz a Katsuyu que o verdadeiro Pein utiliza isso para transmitir chakra ao corpo e retirara todos os transmissores para garantir que o Círculo de Deus não mais se mova. Após arrancar todos, olha o corpo sem vida de Pein e começa se lembrar do que o mesmo lhe falou sobre justiça, dor, ódio, paz, então Naruto enfia o pequeno piercing na mão e se lembra do que aconteceu com Jiraiya, Kakashi, Hinata e a Konoha inteira, por fim se lembra do que Pein lhe disse sobre a verdade do mundo dos ninjas: Que o Mundo Shinobi é governado pelo Odio.

Naruto então toma sua decisão de ir atrás do verdadeiro corpo de Pein, Katsuyu diz que seria aconselhável levar reforços, mas Naruto fala que ira sozinho e adiciona mandando por Katsuyu que ninguém vá ajudá-lo ou segui-lo. Por fim sai dali. Durante sua perseguição ao local de onde o verdadeiro homem por traz de Pein esta, Naruto é encontrado por Nara Shikaku, Yamanaka Inoichi e o Membro do Clã Hyuuga Ko, Naruto fica meio desconcertado ao ver que o seguiram e Inochi fica surpreso ao ver Naruto e então supõe que ele derrotou Pein, Naruto fica silencioso por um tempo e então diz que perder ou vencer não importa agora que ele descobriu a verdade, Inoichi e Shikaku se mostram surpreso ao ver a personalidade mudada de Uzumaki Naruto e Shikaku pergunta o que aconteceu com Naruto.

Naruto novamente fica silencioso e então diz que é difícil de explicar, Shikaku e Inoichi continuam não entendendo e este não entendo o que Naruto quer dizer, este então diz que de qualquer modo vai atras do homem por atrás de Pein sozinho e pede que não o sigam pois quer conversar com o ninja sozinho. Ko fica surpreso e pergunta como Naruto o encontrou, este então diz que usou o Sennin Mode para rastrea-lo. Inoichi continua sem entender o porquê de Naruto querer ir sozinho e pede uma explicação, Naruto então diz que quer descobrir uma coisa, Inoichi novamente pergunta o que Naruto quer, mas Naruto responde que quer conversar com o homem por trás de Pein. Shikaku nada diz e Inocihi então grita perguntando o porquê de Naruto agir dessa maneira, mesmo o porquê ele é grato de ter se livrado de Pein, mas diz que conversar não resolvera nada.

Naruto então se explode e grita dizendo que a solução seria destruir o homem por trás de Pein e o resto da Akatsuki inteira e pergunta se isso adintaria, Inoichi continua gritando falando que conversa não irá adiantar, pois Pein foi um inimigo de Konoha e não pode perdoá-lo, Naruto então berra falando que sente o mesmo pois o mesmo homem que destruiu sua vila, matou seu mestre, seu professor e a todo mundo. Inoichi continua gritando perguntando o porquê de Naruto agir daquela maneira. Shikaku então diz que vão deixar Naruto partir sozinho, Inoichi não entende Shikaku e este diz que por Naruto ter conseguido barrar e derrotar Pein ele tem certeza que Naruto tem um plano, Inoichi tenta replicar, mas Shikaku repete o que disse - que vão deixar Naruto prosseguir sozinho. Naruto então agradece Shikaku e continua sua busca, quando Naruto se distancia.

As Crianças Destinadas se encontram

Naruto então reaparece na frente de uma imensa árvore que ele percebe ser de papel, na mais alta montanha de Aldeia da folha, então ativa seu Sennin Mode na frente da árvore. Assim que entra, naruto relembra de Jiraya e Kakashi mortos. Konan se prepara para atacar, mas Nagato manda Konan voltar. Konan não entende a atitude de Nagato. Naruto fica espantado ao ver o verdadeiro corpo do homem por trás de Pein. Nagato olha Naruto e sorri, dizendo que a paz acabou de chegar. Uzumaki Naruto se aproxima de Nagato, silencioso e furioso, começa a se lembrar de como Jiraiya e Hatake Kakashi foram mortos, Nagato pergunta se Naruto o odeia, e se sua presença o deixa nervoso e furioso, Naruto então se lembra que Pein falou sobre as correntes de ódio e como elas são formadas, Konan diz que mesmo que Naruto mate Nagato, nada mudara, pois sua justiça nada mais é que egoísmo. Naruto então se lembra que Pein lhe falou que criou a Akatsuki para destruir o Ódio e também se lembra de que seu pai, Yondaime Hokage, lhe disse sobre o que o sistema atual shinobi faz e o que ele cria: pessoas como Pein.

Naruto gela de fúria por ver aquele que destruiu tudo que encontrou, Nagato diz que Naruto por não encontrar a resposta é fraco, e somente com sua morte poderá ajudar Nagato a trazer a paz. Ele então ativa sua máquina e lança uma estaca negra que perfura Naruto no abdômen, pois ele sequer se mexeu, Naruto fica meio cambaleando e Nagato diz que agora que Naruto esta tão perto pode controlá-lo absolutamente, convencido diz que evitou seus órgãos vitais, pois quer levar o Jinchuuriki vivo. De repente, Naruto ativa seu novo jutsu, o Kyuubi Sennin Mode e olha Nagato com o olhar mesclado com o olhos da Kyuubi, ao sentir a presença da Kyuubi no Youko em seu ser, Nagato fica espantado e apavorado, revertendo o jutsu para ele mesmo, que percebe que Naruto se deixou atingir de propósito, Konan fica preocupada ao ver Nagato naquele estado. Naruto então fala que veio apenas conversar para esclarecer sua dúvida, Nagato não entende sua dúvida e Naruto diz que queria saber o que sentiria se visse a pessoa que destruiu tudo que ele conhecia na sua frente.

Nagato então pergunta em tom de zombaria o que ele descobriu, Naruto então arranca a estaca negra de seu corpo e o ferimento se cura rapidamente e diz com ódio que esta furioso e quer espancar Nagato tanto que não consegue parar de tremer de fúria. Konan se impressiona ao ver que Naruto consegue superar o poder de Nagato naquela distancia e então antes que Nagato perceba Naruto parte para cima dele querendo lhe dar um soco, no meio do caminho se lembra do que Jiraiya lhe disse por ser seu melhor aluno. Então Naruto para seu braço e Konan que estava pronta para defender Nagato se retrai. Naruto então diz que ele acredita no que o Ero-Sennin lhe disse: "Que as pessoas, um dia poderiam se entender". Nagato fica surpreso com tal atitude e Naruto diz que a primeira vez que ouviu essa frase, ele não deu atenção, pois ficou muito feliz por Jiraiya te-lo considerado seu melhor aluno, mas havia se esquecido de que ele lhe deu a missão de descobrir a resposta de Nagato, Naruto então diz que finalmente compreende o que seu mestre disse.

Nagato fica asteiro ao ouvir aquilo e diz que Naruto não vai deixá-lo fugir sem reação alguma, pois o que Nagato fez não tem perdão que resolva, isso porque o amor humano não permitiria isso, Naruto então diz que Nagato esta certo, Nagato então diz que tudo que o seu sensei Jiraiya sonhava com Paz eram idéias destorcidas e inalcançáveis e diz que pensou ter ouvido que Naruto lhe disse que se o mata-se traria paz ao Mundo Shinobi. Naruto então sai do Kyuubi Sennin Mode e continua ouvindo Nagato dizer que mesmo que o que Naruto diz ser justiça para enganar seus desejos de vingaça pode se justificar, pois cada um tem sua versão de Justiça, mas Naruto não é um Deus para decidir isso. Nagato então pergunta se Naruto consegue acreditar nas ideias desconexas de Jiraiya, agora que sabe a verdade diretamente nos olhos dele.

Naruto então diz que desde que descobriu que Nagato e Konan foram aprendizes de Jiraiya quer saber de uma coisa, Nagato fica sem entender a pergunta e Naruto pergunta como foi que eles que foram alunos de Jiraiya viraram o que são, os dois ficam silenciosos por um tempo e Naruto diz que quer saber as historias dos dois e então dara sua resposta que Nagato que saber. Nagato então observa Naruto e diz que contara como ficou do jeito que esta, Konan diz que não devem perder tempo com isso e sim tentar capturar Naruto, mas Nagato manda ela parar pois quer ouvir a resposta de Naruto, todos ali ficam silenciosos e então Nagato diz que houve duas coisas que o transformaram no que ele é agora. A primeira foi a guerra entre Amegakure no Sato e Aldeia da folha que matou seus pais: Nagato e seus pais estavam escondidos dentro da própria casa devido dois ninjas inimigos, eles estavam procurando comida, pois não comiam a quatro dias, um deles fala para procurarem mais pois deve ter mais pela casa. O pai de Nagato manda eles saírem agora da casa, mas a mãe de Nagato e o próprio estão com medo, mas o Pai de Nagato fala que como os ninjas estão ocupados saíram na surdinha, quando estão prestes a sair da casa, Nagato sem querer derruba um vaso próximo e os ninjas ouvem o barulho, perguntando quem estaria ali, antes que pudessem ver, o Pai de Nagato avançou contra um deles e manda que sua mulher e seu filho fujam, a Mãe de Nagato pede que seu filho fuja sozinho, mas este esta com muito medo, de repente a mãe de Nagato é atingida por uma kunai de um dos ninjas e Nagato tampa sua visão para não ver aquilo e as ultimas palavras dela são para que seu filho fuja.

O Pai de Nagato urra de fúria ao ver a mulher morta, mas é morto em seguida pelo ninja que segurava, vendo aquilo Nagato chora e cai sentado no chão. Os ninjas então percebem que as pessoas que os atacaram não eram shinobis, e o ninjas percebe que o que eles tentavam proteger era uma criança, o ninja fica furioso consigo mesmo pois o Sandaime Hokage havia dado ordens de atacar somente se os inimigos fossem shinobis e não acredita que puderam confundir as pessoas como ninjas, Nagato continua chorando e olha a bandana do ninja, descobrindo que ele é de Konoha. O ninja arrependido pede perdão, mesmo sabendo que não adiantaria. Cheio de Fúria e de Ódio, Nagato pela primeira vez, ativa seu Rinnegan. Quando Nagato volta a sí, percebe que os dois ninjas a sua frente morreram, ele então chama seus pais e vê ambos mortos, ele olha aquilo horrorizado e começa a chorar ao perceber que aquilo não foi um sonho.

Nagato então fala a Naruto que seus pais foram mortos por uma guerra que Konoha começou e diz que até hoje não consegue esquecer essa dor, pois ela doi demais, ao ouvir isso Naruto fica meio apreensivo e continua ouvindo a historia: Nagato então diz que quando sentiu a "Dor" pela primeira vez começou a despertar seus poderes, só então ele percebeu que tinha sido ele que matou os ninjas de Konoha, depois de enterrar seus pais e se despedir, Nagato sai de sua casa com poucas provisões (comida) e depois que suas provisões acabam, assim Nagato desmaia (isso porque Nagato cresceu fraco e faminto) e é acordado por um pequeno cachorro, acaba assim fazendo amizade com o pequeno cão o chamando de Pequeno. Nagato então sai perguntando em todas as casas se eles podiam dividir um pouco de comida com ele e seu cão, mas todos não querem dividir nada, depois de passar em todas as casas acaba desmaiando de cansaço e fome, Nagato acredita então que este é o fim da linha para ele.

Uma garota então aparece embaixo de um guarda-chuva oferecendo pão a ele, a garota então revela ser Konan, Nagato pergunta se ela tem certeza de dar algo de comer para ele e Konan diz que sim, após se abrigarem, Nagato e seu cão Pequeno dividem o pão igualmente. Depois disso, Konan os leva para uma caverna-acampamento onde ela mora junto com um garoto, ao ve-lo o garoto revela ser Yahiko, este pergunta por que Konan trouxe Nagato e ela diz que ele estava morrendo, fazendo Yahiko compreender e depois fica surpreso ao ver que Konan trouxe até o cão, ele então pergunta o nome de Nagato e este entende que ele perguntou o nome do cão e diz que é Pequeno. Yahiko diz que Nagato tem um nome estranho e Nagato diz que Pequeno é o nome do cão. Eles então se tornaram amigos e passavam a maior parte do tempo roubando diversos tipos de comida, pois enquanto Konan e Nagato distraiam o dono da venda pedindo algo para comer e eram expulso do local, Yahiko roubava a mercadoria.

Nagato então diz que foi naquele momento em que os Yahiko, Konan e ele mesmo se tornaram uma família e criaram um vinculo, pois eram órfãos, e acima de tudo estavam lutando para sobreviver, pois não haviam orfanatos na Vila Oculta da Chuva devido as diversas guerras, porém segundo Nagato, Yahiko jamais desistia, fazendo Naruto começar a compreender mais o passado de Nagato, então continua a ouvir atentamente o que Nagato fala: Yahiko, Konan, Nagato e o cão Pequeno estavam andando pela chuva, quando Yahiko pergunta se Nagato tem sonhos e este não entende, Yahiko então diz que possui grandes sonhos e o maior deles é que ele deseja governar o mundo inteiro, Nagato não entende direito e Konan nada diz, Yahiko diz que quando estiver no topo do mundo não deixara ninguém mais sofrer, ele também diz que não pode morrer, pois assim decepcionaria seus pais, Konan o olha falando surpresa e Yahiko termina seu discurso falando que quando estiver no topo do mundo podera fazer o que quiser, Nagato então diz que Yahiko quer ser uma espécie de Deus e que se ele conseguir isso podera por um fim nas guerras, de repente um Kunai como um Tarja explosiva cai perto deles e explode jogando todos um pouco longe, Yahiko pergunta se eles estão bem e ambos dizem sim, porém Pequeno acabou morrendo com o impacto, Yahiko pragueja se perguntando o que terá acontecido e ele escala pequena montanha, acaba se deparando com um campo de batalha onde diversos ninjas de Ame/Konoha estão mortos, onde somente 4 estão de pé, o Líder de Amegakure no Sato Salamandra Hanzou em cima de sua salamandra e três ninjas de Konoha, Jiraiya, Tsunade e Orochimaru. Yahiko fica nervoso ao os ver lutando tão perto e Nagato então grita falando que não sabe o que fazer, pois Pequeno não esta mais respirando, Yahiko então diz que ele, Konan e Nagato devem sair dali imediatamente, pois poderam se preocupar com Pequeno depois.

Nagato então explica a Naruto que os três ninjas de Konoha eram Jiraiya, Tsunade e Orochimaru, eles estavam lutando contra Hanzou, o líder de Amegakure no Sato, a luta havia chegado a seu auge, porém aparentemente Hanzou desistiu, deixando Naruto um pouco surpreso, mas continua ouvindo o que Nagato diz: Yahiko, Konan e Nagato se abrigam da chuva e Nagato começa a chorar por perder Pequeno, Yahiko então grita de ódio, dizendo que aquilo que eles estão passando é um inferno, Yahiko então diz que se as guerras vão continuar ele então se tornara um Deus do mundo inteiro, ao ouvir Yahiko, Nagato a partir deste momento, faz o sonho de Yahiko ser o dele.

Depois de saírem do recinto, Nagato continua chorando e Yahiko manda Nagato parar de chorar, pois isso não vai adiantar, exatamente como a Chuva, Yahiko então diz que ira mudar o País da Chuva. Ele então diz a seus amigos que precisa de força e não palavras, ele então diz que eles precisam ser ninjas.

Naruto nada diz e Nagato diz que eles começaram a procurar um ninja e então encontraram os ninjas que lutaram com Hanzou, Jiraiya, Tsunade e Orochimaru.

Yahiko os aborda pedindo um pouco de biscoito, Jiraiya lhe dá um pacote, ao fazer isso para a criança chama Konan e Nagato. Eles começam a persegui-los.

Nagato diz que não gostava deles por serem de Konoha, devido à morte de seus pais, então diz que Naruto deve saber como ele se sentia. Ele então continua sua historia: Tsunade, já irritada manda-os embora, Yahiko então pergunta se eles são Shinobis (Ninjas) de Aldeia da folha e se eles poderiam ensinar Ninjutsus, Konan entrega à Jiraiya um origami de flor feita com a embalagem do biscoito, Orochimaru sugere matá-los e acabar com isso, mas Jiraiya diz que ficará para ensiná-los Ninjutsu.

Nagato então diz que Jiraiya era diferente e então passaram a conviverem juntos, até que uma coisa aconteceu, Naruto pergunta o que aconteceu, Nagato então diz que ele e Yahiko haviam sido atacados por um Chuunin de Iwagakure no Sato, ele quase matou Yahiko, porém Nagato contra-atacou e fez tudo de um modo inconsciente. Quando voltou a si, percebeu que ele tinha algum poder especial e então percebeu que eram seus olhos, o Rinnegan. Depois desse incidente, Jiraiya decidiu ensina-los. Nagato diz que embora Jiraiya houvesse dito que era para autodefesa, Nagato havia percebido que era para ele conseguir controlar o Rinnegan.

Mas Nagato não conseguia se livrar daquilo, tinha medo de seus poderes e estava repleto de ódio, pois havia pensado que havia feito algo de errado, mas Jiraiya o salvou: Jiraiya diz que não sabe se o que ele fez foi certo ou não, mas lhe diz que Yahiko só sobreviveu por causa disso e por isso ninguém deve culpá-lo.

Sem perceber, Nagato havia aceitado ele, dizendo a seguintes palavras: Quando as pessoas se machucam eles aprendem a odiar, com isso quando machucam alguém se enchem de ódio e culpa, mas a dor permite as pessoas aprenderem a ser gentis e também a crescer. E o modo de como você cresce é por sua conta, pois ao conhecer a Dor você tenta entende-la e achar a resposta que depende de você, Nagato diz que Jiraiya havia dito isso quase que para si mesmo do que para Nagato, pois ele ainda não havia achado a resposta, do mesmo modo que Naruto, mas Nagato já havia achado a resposta de antemão: Nagato então diz a Jiraiya que só quer proteger seus amigos, não importando a dor que tenha que passar, Jiraiya diz que entende. Nagato então pergunta o que Jiraiya vive pensando, ele então diz que vê este mundo impregnado de guerras, o ódio esta por toda a parte, ele diz que gostaria de mudar aquilo, pois ele se pergunta o que é paz e quer saber a resposta.

Depois de 3 anos, Nagato, Yahiko e Konan se tornaram ninjas fortes de mente e alma, porém as palavras de Jiraiya ficaram marcadas em seu coração, pois certa vez Jiraiya disse que o Rinnegan era resposta: Jiraiya conta a Nagato sobre como o mundo Shinobi era antes do "Equilíbrio", que era um inferno de guerras piores que recentemente, então diz que simplesmente um Sacerdote Eremita apareceu e ele foi o primeiro a "levar o credo e o desvendar todos os mistérios do Chakra" e tentou a levar a paz ao mundo, e com o passar do tempo, as pessoas começaram a ve-lo pregando suas crenças e essas crenças se tornaram as primeiras técnicas ninja, ele dizia que um shinobi não traria Guerra sim trazer a Paz, pelo sacerdote eremita vagar entre os seis cantos do mundo ficou conhecido como "O Eremita dos Seis Caminhos", eles o chamavam de "Messias" por ter os mesmo olhos que Nagato, ele vivia dizendo que traria paz e ordem a tudo e a todos, pois acreditava que um dia as pessoas poderiam se entender. Jiraiya então diz que acredita que Nagato seja reencarnação do Eremita dos Seis Caminhos, pois sente as esperanças dele nos olhos de Nagato.

Nagato diz que Jiraiya havia confiado nele e por fim os deixou: Depois de alguns anos, Yahiko, Nagato e Konan criaram uma gangue de ninjas que queriam os mesmos ideais, sendo que Yahiko era o líder, essa gangue era conhecida como Gangue da Chuva e esta gangue ficou famosa da noite para o dia. Todo gangue queria trazer paz sem uso de força bruta, porém o Amegakure esta no meio da guerra entre Konoha, Suna e Iwa gakures no Satos. Hanzou começou a ouvir boatos sobre aquela gangue e se aproximou deles, pois ele não podia mais ignora-los.

Ele então se encontrou, acompanhado de seus ninjas e sua salamandra, com Yahiko e sua gangue, então Hanzou fez uma proposta: "ele usaria a gangue de Yahiko para negociar a paz entre as Três Grandes Nações do Fogo, do Vento e da Terra", pois sabia que com sua influencia poderia conseguir a paz, foi então que Gangue decidiu ajudá-lo.

Nagato então diz que aquilo foi uma catástrofe, eles eram muito inocentes e crianças ainda, Naruto não entende e pergunta o que foi que aconteceu, Konan se retrai e Nagato diz que por culpa de Hanzou, Yahiko morreu, Naruto fica surpreso ao ouvir aquilo e não consegue entender. O Lide da Akatsuki diz foi tudo uma armadilha, Hanzou temia que a Gangue de Yahiko tomasse Amegakure no Sato dele e então continua sua historia: No dia que foram se encontrar no local marcado, a ANBU Ne estava lá com Hanzou e seus aliados, isso porque o líder de Amegakure fez uma parceria com o ninja Danzou, que ainda era um ANBU ativo para obliterar a gangue, isso porque Hanzou queria manter sua posição e em troca, Hanzou ajudaria Danzou a se tornar Hokage em uma futura rebelião a Konoha.

Hanzou capturou Konan, e isso deixa Yahiko nervoso, o Líder de Amegakure diz que Yahiko e sua gangue esta sendo um estorvo para os planos deles e que por isso ele ira morrer, se não Konan será morta em seu lugar. Ele então atira uma Kunai e manda Nagato assassinar Yahiko, deixando Nagato apavorado, mas Konan fala para Nagato não fazer aquilo e eles fugirem, pois não precisam se preocupar com ela, Nagato não sabia o que iria fazer e Yahiko então diz para ele mata-lo. Nagato então começa se lembrar do que havia dito a Jiraiya e Hanzou fala para ele se apressar, pois se não matara a garota do mesmo jeito. Nagato então tira a Kunai do chão e começa a hesitar, então Yahiko vai a sua direção e pega a mão de Nagato e então se perfura no pulmão, Nagato não consegue acreditar naquilo e Yahiko diz que ele e Konan devem ficar juntos não importa o que aconteça, pois ele acredita que Nagato é o novo Messias e por fim cai no chão e morre. Konan começa a chorar ao ver aquilo e Nagato pela segunda sente a Dor olhando para os assassinos, porem muito pior agora, pois depois de tudo que fez nada pode fazer assim como na morte de seus pais e finalmente, a personalidade "Pein acorda".

Nagato começa a chorar, não aceitando a realidade em sua volta e Hanzou então dá ordens de matar Nagato, este em sua mente começa a se lembrar do que Yahiko lhe disse sobre sonhos e então todos os shinobis de Amegakure presentes lançam diversas Kunais para matar Nagato, este então se lembra do que Yahiko disse de se tornar o "Deus do Mundo Inteiro", então ele levanta a mão e utiliza seu jutsu Shinra Tensei e deflete as kunais lançadas, impressionando todos ali presentes e então Nagato salta em direção a Hanzou para resgatar Konan, o lide de Amegakure salta a direção oposta, deixando Konan no mesmo lugar e quando Nagato toca no chão, Hanzou utiliza seu poderoso jutsu Katon-armadilha, o Katon: Kibaku Fuda Shuu, então as inúmeras tarjas explosivas se grudam na pele de Nagato, este ao notar aquilo usa novamente seu Rinnegan e de repente tudo ali explode.

Hanzou e todos os ninjas se perguntam se venceram e então Nagato se mostra no fundo do vale com Konan sendo colocada perto do corpo de Yahiko através de dois tentáculos que saem de seu braço chamuscado, enquanto suas pernas ainda estão queimando. Nagato então diz a Konan se agarrar em Yahiko e se proteger, Hanzou então diz através da fumaça que admite que o garoto é realmente forte por escapar do jutsu Katon dele, Nagato continua olhando Hanzou com um terrível ódio e este ao perceber os olhos de Nagato, e a rapidez que seus ferimentos são curados, então o líder de Amegakure diz que Nagato não é uma criança qualquer e então Danzou manda os ANBU Ne e Amenins matarem todos ali, todos então avançam e Nagato sem pensar, utiliza a invocação mais proibida de toda historia do Kuchiyose no jutsu, o Kuchiyose • Gedo Mazo e Konan então grita para Nagato não usa-la, mas é em vão.

Do nada surge uma imensa criatura - estatua irmã da Estatua de Selamento utilizada pela Akatsuki só que sem olhos e libertada das correntes, esta grita de fúria ao ser despertada. Hanzou não acredita no que vê e então Nagato da ordem à criatura agir, esta então enfia inúmeras estacas negras no corpo de Nagato para se conectarem e assim começa a sugar sua força vital e um pouco de sua juventude, deixando quase igual sua aparência atual, ainda chorando Nagato manda a criatura atacar sem piedade e então ela utiliza sua técnica Gentoshin Genryuu Guren que sai da sua boca, de repente um dragão fantasma sai dali e começa a atacar os ninjas, ao toca-los arranca as almas de todos que caem mortos no chão, Nagato então grita para criatura, dando ordens mentais para matar todos ali e então os poucos ninjas de Ame e ANBU Ne (incluindo Danzou que saiu muito ferido da batalha) que sobreviveram fugiram, somente Hanzou permaneceu estupidificado e Nagato fica muito cansado com o esforço, Konan segurando Yahiko fica assustada ao ver aquela cena e Hanzou fala que o membro mais poderoso da gangue não era Yahiko e sim Nagato, pois o Rinnegan dele o surpreendeu. Nagato cheio de fúria ataca Hanzou com o Dragão Fantasma, antes de ser atingido, Hanzou utiliza o Shunshin no Jutsu e some dali, sendo que o ataque do dragão não o pegou, então Gedo Mazo volta para seu local de origem, mas deixa ainda as estacas negras nas costas de seu invocador que ri insanamente, enquanto Konan o observa ainda segurando Nagato.

Minha Real Decisão

Nagato então diz que Yahiko morreu e depois disso, Nagato se tornou o líder da Gangue da Chuva, com passar dos anos vários amigos dele morreram em batalha assim como tantas pessoas, Naruto nada diz e Nagato fala que embora todo o País do Fogo fale de "Paz", ainda sim cada missão que Konoha aceitava ajudava a financiar a guerra, as pessoas do País do Fogo sabiam que eram cúmplices na continuação da guerra, mas ainda sim falavam de uma "Paz" hipócrita, e por diz que a tão falada "Paz" das Cinco Grandes Nações feita por eles foram construídas fazendo sacrifícios dos Países Ninjas-Não oficiais, pois para os países menores ninjas a "Paz" deles significa violência para com os países menores, Naruto nada diz se retraindo e Nagato diz que só pelas pessoas estarem vivas iram machucar eventualmente outras pessoas, pois enquanto houve a humanidade haverá ódio.

O líder da Akatsuki diz que no mundo inteiro não existe algo como "Paz Verdadeira" e o que Jiraiya ou o Eremita dos Seis Caminhos falavam nada mais era que ficção. Naruto nada diz e Nagato então fala que contou sua historia e agora quer ouvir a resposta de Naruto, este então pega o livro de seu sensei que ele sempre carrega, o único exemplar de Determinação Extrema – A História de Um Ninja e começa a olhá-lo, Nagato não entende aquela reação e então Naruto diz que tudo o que Nagato disse pode ser verdade e ele próprio acredita naquilo, Nagato não acredita naquela resposta, mas Naruto diz que embora entenda os dois não consegue perdoa-los pelo que fizeram a Konoha e que ainda os odeia. Nagato então diz então devem terminar com aquilo, mas é interrompido por Naruto que diz que o Ero-Sennin acreditava naquilo e confiou aquilo para ele, surpreendendo Konan e Nagato, então Naruto dá sua resposta definitiva: "Ele ira acreditar no que Jiraiya acreditava", Nagato não acredita no que ouve e então Naruto diz que é por essa resposta que não ira matar os dois.

A Decisão Final do Herdeiro dos Seis Caminhos

Naruto agora olhando com mais determinação encara Nagato, este então repete a mesma resposta de Naruto e a ironiza, dizendo que iram apenas esperarem sentados enquanto Naruto tenta trazer a paz, Naruto olha para seu livro e nada diz, Nagato então manda Naruto parar de brincar, pois não como ele acreditar em Jiraiya agora, pois não existe Paz de verdade, isso será impossível enquanto viverem no mundo amaldiçoado dos shinobis, Naruto não fala nada por um tempo e diz "que vai quebrar a maldição do ódio e se existe paz ira encontra-la, pois ele não desiste", Nagato fica espantado com aquelas palavras e pergunta como ele sabe daquilo, Konan pergunta o que houve com Nagato, Naruto então fala que as mesmas palavras ditas por eles estão escritas no primeiro livro que Jiraiya escreveu, o único exemplar de Determinação Extrema – A História de Um Ninja e foi com esse livro que ele tentou mudar o mundo inteiro. Naruto então diz que o livro foi espirado em um aluno dele e este aluno era Nagato, fazendo este ficar surpreso ao ouvir aquilo. Nagato ainda assustado com o que ouviu diz que é apenas coincidência, mas Naruto então fala que o nome do personagem principal é e antes de Naruto responder, Nagato fica pensativo e nada diz, Naruto então fala que o nome do personagem principal era o mesmo que o seu: "Naruto", assustando Nagato com a descoberta. Naruto diz seu nome é uma lembrança preciosa de seu mestre e que ele não ira pisar nem desistir nesta lembrança, Naruto então diz que se tornaram o Sexto Hokage e quer ira trazer paz para todos, inclusive Amegakure no Sato e pede que Nagato acredite nele.

Nagato sorrindo, olha Naruto e Konan não entende aquela expressão, Nagato então se lembra de tudo que ouviu e presenciou desde sua tristeza as alegrias. Então começa a sentir remorso e fala a Naruto que embora tivessem o mesmo mestre e que ambos podiam se entender, ele estava brincando e que Naruto é uma criança estranha, pois lembra ele próprio quando jovem, Konan entende o apelo de seu amigo e faz menção de falar, porém Nagato continua, dizendo que não podia acreditar no que Jiraiya disse ou mesmo em seu próprio mestre, mas como Naruto escolheu um caminho diferente, o líder da Akatsuki vê um futuro diferente, Naruto fica surpreso e mais ainda ao ver ele tirando seus braços enfaixados da maquina que os segurava, revelando inúmeros receptores de chakra nos mesmos. Ao fazer um sinal de mãos, Nagato diz sua decisão: "Que ira acreditar em Uzumaki Naruto"

Konoha Ressurge

Nagato então utiliza o Gedo • Rinne Tensei no Jutsu, Naruto não entende aquilo, Konan grita desesperada ao ver aquilo e diz para ele não fazer aquilo, Nagato então manda Konan se calar, pois já tomou sua decisão, uma decisão que já havia esquecido. Naruto pergunta que técnica é aquela e Konan excita, mas explica que como Nagato é dominador do Rinnegan, ele é o mestre de todas "As Seis Transmigrações da Alma e do Chakra" ou da "Dor" e que seu poder vai além da vida e da morte, pois com o Rinnegan o usuário pode controlar a vida e a morte.

Nagato começa então a suar e Naruto estranha enquanto Konan o olha atentamente, como se estive analisando-o, de repente o usuário do Rinnegan começa a envelhecer e Naruto começa a gritar, perguntando o que a com ele e Katsuyu aparece e diz que todos aqueles mortos em Konoha estão sendo ressuscitados, Naruto então olha Nagato surpreso e este já em seus últimos momentos de vida diz sobre os significados da guerra e tudo que ela traz: Dor, Sofrimento, Perdas, Mortes e Ódio, sendo que isso vai para ambos os lados, pois a pessoa pensa que as pessoas que amam nunca iram morrer porque são especiais, mas isso acontece e a pessoa tenta encontrar algum significado para a morte, mas só encontra dor e ódio, a pessoa não sabe o que fazer e então morre como um lixo, como feridas que nunca se curam e isso é Guerra e é isso que Naruto devera enfrentar, Naruto o olha atentamente e Nagato sorri, dizendo que o livro e Naruto são tão iguais que parecem até predestinados ou talvez isso seja a vontade do verdadeiro Deus. Nagato então prestes a morrer diz que seu papel acabou e deixa o resto com Naruto, pois ele realmente pode trazer a Paz e assim morre feliz.

Konan desfaz a arvore feita de papel e embrulha Nagato com os papeis como um sarcófago, ela e Naruto então voltam ao local onde Pein Círculo de Deus foi derrotado e Konan começa a embrulhá-lo também, Naruto pergunta melancólico se vai levar o Pein com ela, esta diz que Pein nasceu através de Yahiko e que ele era especial para Nagato como para ela, Naruto fica surpreso ao saber que aquele era Yahiko. Depois de embrulhá-lo, Naruto pergunta o que Konan ira fazer, pois não quer imaginá-la ainda na Akatsuki, mas Konan diz que estará lá até o final, pois não tem como ela voltar e que Nagato e Yahiko eram tudo para ela. Ela também diz que Nagato e Yahiko confiaram seu sonho a Naruto e que ele terá de conseguir, Konan diz que como Nagato acreditou nele, ela terá a mesma opinião, ela também confirma que Amegakure no Sato o ajudara a realizar seu sonho de Paz, Naruto então lembra do que ouviu de Jiraiya e Nagato e diz que seu nome é uma promessa de que ele não vai desistir e que a dor era o que Nagato e Jiraiya deixaram para ele resolver, Konan então cria uma um buquê de flores de origami e o da para Naruto, dizendo que espera que dessa vez as esperanças dele sejam como as das suas flores que nunca desaparecem, ele então sorri e se lembra de quando estava rindo com seu mestre e diz em seus pensamentos: Olha só isso, Ero-Sennin.

Konoha Aclama - Naruto é um Herói!

Naruto volta então a vila extremamente cansado, quando parece que vai desmaiar surge Hatake Kakashi dizendo que ele fez uma bom trabalho, Naruto fica feliz ao ver que seu sensei esta vivo e este pede para que Naruto o segure fortemente.

Ao chegarem a Konoha, Naruto é aclamado por todos que os desprezaram no passado o chamando de herói, salvador e que todos acreditavam nele. Naruto fica surpreso ao ver aquilo e Kakashi diz que todos estavam esperando por ele, Kakashi então o põe no chão e Naruto não entende como eles descobriram tudo e Katsuyu diz que falou tudo a eles, de repente uma multidão de ninjas, pessoas e médicos aparece e tentam falar com Naruto que pede para eles não o empurrarem, ele vê Hinata e depois Sakura chega à sua direção, ela então dá um soco em Naruto assustando todos ali e depois disso o abraça agradecendo por tudo que fez, ele então olha todos seus amigos e companheiros ficando feliz com todos, então começa a ser jogado para o ar pelas pessoas da vila.

Conseqüências da Invasão

Depois de se livrarem da multidão, Naruto, Kakashi e Shizune aparecem na cabana onde Tsunade esta, Sakura diz que como ela usou todo e muito mais de seu chakra para que Katsuyu pudesse proteger a vila acabou entrando em coma, mostrando sua real aparência, Sakura diz que não sabe se este coma podera ser reversível ou não. Naruto então se lamenta por Tsunade ao vê-la daquele estado.

6º Hokage - Konoha Abalada

Durante a conferência de emergência na capital do País do Fogo, os conselheiros de Konoha – Mitokado Homura, Utatane Kaharu e Danzou, ANBUs, Nara Shikaku e o Senhor Feudal do País do Fogo estão decidindo os próximos passos para Konoha seguir em diante o mais depressa possível, sabe-se que Nara Shikaku optou escolher Hatake Kakashi para ser o próximo Hokage por ele ser filho de Hatake Sakumo, o Canino Branco de Konoha e ter sido aluno do Yondaime Hokage, muito dos senhores shinobis concordaram devido a fama do Hatake e poucos negaram por ele ser um pouco novo, mas logo concordaram, pois Namikaze Minato era muito jovem quando escolheram-no. O Senhor Feudal do País do Fogo não viu problema nenhum, já que Kakashi também seguia os ensinamentos do Sandaime Hokage. Quando ia se decidir, Danzou critica seriamente os ensinamentos do Terceiro e foi graças a esses ensinamentos que Konoha sofreu o que sofreu, então o líder da ANBU Ne se auto elege para ser o próximo Kage, fazendo todos ali mudarem de opinião, Shikaku tentou mudar a opinião de todos, mas o Senhor Feudal do País do Fogo se decide e então diz que o Rokudaime Hokage será Danzou.

Em busca do Raikage

Após a decisão que o Hokage será Danzou, Naruto fica sabendo do boato que Kira A vai matar Sasuke Uchiha. Naruto Uzumaki tenta fazer contato com Kira A, porém é impedido pela equipe Samui, onde dois membros dela, Karui e Omoi, enfretam Naruto onde o mesmo apanha até a chegada de Sai, que impede de Karui e Omoi baterem mais em Naruto. Sai diz que não a motivo de baterem em Naruto por causa de Sasuke, Karui avança sobre Sai, que dá um forte soco em sua barriga, Omoi tenta impedir que Karui e Sai lutem, com sucesso. Depois chega a capitã da equipe Samui, que chega correndo pergutando se eles encontraram alguma informação, Omoi diz que Naruto não trairá seu amigo, e que ele é do tipo que não volta atrás com suas palavras. Depois fala em um tom alto de voz que o objetivo deles era ir atrás do esconderijo da Akatsuki, Samui pergunta se sua equipe não está causando problemas, em seguida dizem que vão levar as informações ao Raikage. A equipe Samui some, Sai leva Naruto até Konoha onde o mesmo fica em repouso e conversa com Yamato e Kakashi a respeito de encontrar Kira A. Naruto acaba convencendo Kakashi e Yamato de sair da vila e Naruto, Kakashi e Yamato saem da vila, no caminho Sai manda uma mensagem a Danzou através de um pássaro atualizando Danzou. Naruto encontra com Konohamaru onde ele diz que ele foi um herói ao usar o Rasengan em Pein e atrasá-lo até a chegada de Naruto. Depois de uma pequena conversa, Naruto vai em rumo de encontrar o Raikage Kira A.

Ao chegar no país do Ferro, Naruto se encontra com Kira A e pede para não matar Uchiha Sasuke pois eles são amigos porém ele recusa a oferta e diz que o mundo Shinobi tem guerras e Uchiha Sasuke é foragido como Missing-Nin então ele vai embora deixando Naruto

Conversa de Tobi com Naruto

Tobi encontra Naruto e diz que quer conversar com ele, então Naruto o ataca com o Rasengan porém este desvia e diz que isso é inútil, porém ele é capturado por Hatake Kakashi e Yamato,então Kakashi diz: Não deixarei você encostar em Naruto, Uchiha Madara. Tobi fica surpreso de Kakashi saiba seu nome e diz que só quer conversar. Então este pergunta a Naruto, como fez Nagato o trair, Uzumaki Naruto diz para ele falar do Sasuke, Tobi diz que irá contar o que o mundo Shinobi fez com Sasuke Uchiha.

Depois que Tobi conta a história de Sasuke e Itachi, Naruto não acredita, Tobi diz que isso é uma maldição, que começou com o Rikudou Sennin Eremita dos Seis Caminhos então Kakashi diz que o Eremita é uma lenda, que o Rin'negan é apenas uma mutação,Tobi diz que parte da lenda é real o Eremita dos Seis Caminhos tentou trazer paz ao mundo era seu sonho, mas seu tempo estava acabando e ele confiou a seus dois filhos os poderes e a vontade do caminho ninja pela paz, ao mais velho ele "nasceu" com os olhos do Rikudou Sennin e foi presenteado com um chakra poderoso e ernegia espiritual, ele acreditou que a força era a chave para a paz, e ao mais novo, "nasceu" com o corpo do Rikudou Sennin e lhe foi presenteado com força vital e ernegia física, ele acreditava que o amor era a chave para a paz. Em seu leito de morte o Sábio teve que escolher um sucessor,Tobi diz que a eterna maldição começou com essa escolha, o Sábio escolheu o filho mais novo,o mais velho não pode aceitar isso, acreditando que ele deveria ser o escolhido, e ele atacou seu irmão mais novo com ódio, o tempo passou, mas os descendentes desses dois irmãos continuaram a travar uma guerra de ódio, os descedentes do irmão mais velhos foram chamados de Uchiha e o do irmão mais novo de Senju. Tobi conta que sua primeira batalha com Hashirama Senju estava predestinada, assim como Naruto e Sasuke, Tobi diz que a determinação do fogo está dentro de Naruto e diz que vê o Primeiro Hokage em Naruto. Madara diz que adimirava Hashirama Senju e o odiava também. Tobi diz que Naruto e Sasuke também vão lutar é o destino deles, a batalha de Naruto e Sasuke está destinada e diz que usará Sasuke para fazer as pessoas reconhecerem o Clã Uchiha, então Naruto diz que Sasuke não é seu escravo e que não o ajudará em seus planos, então Tobi diz que não poderá manipular Sasuke como manipulou Nagato e diz que Naruto está fora de seus planos e fala que se quiser controlar o coração das pessoas deverá usar a escuridão com elas e que Nagato foi facilmente influênciado então Naruto diz que Tobi e Nagato não são nada parecidos e Tobi concorda com isso.

Então Hatake Kakashi diz que se Tobi quer que o Clã Uchiha seja reconhecido para que precisa dos Bijuu então Tobi diz que não precisa falar nada e diz que aquele não é o lugar apropriado para se ter uma conversa e vai enbora com seu Ryokoo Basho Tenki.

A Declaração de Sakura

Naruto estava concentrando-se no chakra Eremita, quando Sakura chega com Kiba, Akamaru, Rock Lee e Sai. Sakura diz para Naruto que quer conversar com ele. Então Sakura admite que ama Naruto, mas este não acredita. Sakura diz que Sasuke agora é um criminoso e isso está partindo seu coração e pergunta a Naruto se ele quer desistir de ir atrás de Sasuke, então ela o abraça e diz que quando fica próxima dele, ela se sente mais segura, e Sasuke sempre ficou distante, mas Naruto sempre ficou ao lado dela. Naruto segura seus ombros e diz que odeia pessoas que mentem para si mesmas. Sakura, irritada pela resposta, vai embora de Naruto, junto a Rock Lee, Inuzuka Kiba, Sai e Akamaru. Naruto fica sem reação. Após Sakura se declarar a Naruto, Sai reaparece. Sai conta a Naruto que Sakura estava mentindo sobre a sua "declaração", e conta também que Sakura está em uma missão: ir atrás de Sasuke. Konoha quer matar Sasuke por conta própria, e todos os colegas da academia ninja (antes) estão agindo no mesmo momento.

Naruto pergunta para Sai se Sakura estava envolvida nisso tudo, e Sai diz que se matarem Sasuke, a escuridão não reinará, pois Sasuke só estava espalhando a escuridão da Akatsuki pelo mundo ninja. Ele confirma que agora, Sasuke é só mais um criminoso. Sakura entendeu a posição que ela os colocou, e ela havia proibido todos de contarem essa verdade para Naruto. Sai conta várias coisas ainda sobre Sakura e Sasuke. Neste mesmo momento, Temari, Kankuro e Gaara chegam. Temari começa a contar que Madara declarou guerra ao mundo todo, e Kakashi não acredita que atacaram a reunião, e que Sasuke estava no meio de tudo isso. Gaara declara que a guerra é para proteger Killer Bee e Naruto, e que como Kazekage, protegeria os dois por sua vida. Gaara se relembra da luta de Sasuke contra o Raikage, e fala que Sasuke quer seguir a escuridão por vontade própria, que ele esqueceu Naruto. Gaara diz a Naruto que ele consegue mudar as pessoas, e pede para ele pensar duas vezes sobre Sasuke. Gaara, Kankuro e Temari partem e Naruto fica novamente sem reação. Naruto começa a pensar em tudo o que está acontecendo, e começa a chorar de um modo que da tristeza, vai ficando sem respirar por um momento e desmaia relembrando os momentos de amizade dele com Sasuke.

Após algum tempo, Naruto reacorda e vê Yamato, dentro do Mokuton - Renchuuka no Jutsu. Yamato diz que Naruto havia provocado em todos um grande susto ao desmaiar. Naruto pergunta onde Sai e Kakashi estavam, Yamato não quer respodner e fala que eles tem que voltar para Konoha imediatamente. Naruto tenta sair, mas Yamato o enrola commadeira, e Naruto insiste em ficar e, escondido, se concentra no chakra sennin e entra no Sennin Mode, e foge da cabana onde estava sem Yamato percber. Naruto sente o chakra de Kakashi e vai até o mesmo, na tentativa de reencontrar Sasuke. Naruto se relembra do seu último encontro com Uchiha Itachi, que falara sobre Sasuke, o que Gaara havia falado sobre Sasuke, e a afirmção de Kira A sobre que ele mataria Sasuke e chega perto de onde estava Kakashi. Sasuke estava um pouco longe e já cego, segura Sakura e a ameaça com uma kunai, Kakashi stava com o seu Mangekyou ativo e Naruto chega a tempo e salva Sakura, já fora do Sennin Mode. Ele troca olhares com Sasuke.

O Reencontro com Sasuke

Após trocar olhares com Sasuke, Kakashi usa o Gouken e acerta Sasuke com um soco, Sasuke usa o Kinobori e vai parar no chão, Kakashi afirma que Naruto foi mais rápido que Kakashi, e que Naruto não deveria ter vindo, mas que estaria grato por isso. Sakura agradece Naruto por salvá-la, Naruto diz a Sasuke que Sakura era um membro do Time 7, mas Sasuke responde que era um ex-membro. Kakashi afirma que Sasuke não é mis a mesma pessoa de antes. Naruto sabe a verdade sobe Itachi, pois Tobi lhe contou isso, mas Sasuke diz para Naruto calar a boca. Sasuke fala que matou Danzou, e que salvou o Clã Uchiha, que Konoha semrpe quis negar os Uchihas, e que após rejeitar o clã durante gerações, ele iria apagar Konoha de suas memórias. Ele reviviria o clã inteiro matando cada pessoa de Konoha, até não sobrar ninguém, apenas ele e Madara. Naruto faz um Kage Bunshin, mas Kakashi diz que a batalha é dele e pede para Sakura sair dali pois a kunai envenenada que Sakura aprendeu a fazer seria imune contra Sasuke, Sasuke faz um Chidori. Naruto pergunta se Kakashi iria matar Sasuke, Kakashi pede para Naruto sair, mas Naruto faz um Rsengan e corre na direção de Sasuke. O Chidori e o Rasengan se chcoam novamente. Naruto reafirma que queria ser como Sasuke pois tinha a Kyuubi dentro dele, e que queria conhece-lo melhor pois Sasuke sempre esteve sozinho, mas Naruto o tornou um rival, que Naruto estava grato por conhece-lo. Sasuke não dá bola ao que Naruto diz, e diz que nada que Naruto dissesse iria mudar Sasuke, que ele iria matar Naruto e todos os habitantes de Konoha. Sasuke faz duas escolhas para Naruto: matar Sasuke e se tornar um herói, ou morrer pelas mãos de Sasuke e ser mais uma das vítimas dele. Naruto não se tornaria uma vítima de Sasuke, e começa a dar uma resposta.

Naruto e Sasuke voam longe e são pegos por Kakashi e Zetsu, Zetsu em seus pesnamentos diz que é melhor chamar Tobi, pois não conseguiriam fugir dali sozinho, Kakashi manda Naruto ir embora, Naruto afirma que agora ele tem certeza, Kakashi não entende e pergunta que certeza, Naruto não responde e de repente do nada Madara aparece com o Ryokko Basho Tenki, e achou que tinha dito para Sasuke voltar e descansar, e percebe que Naruto estava ali, Madara diz que eles tem que se retirar e lutar em um local mais adequado, então Zetsu diz que vai distrai-los e que iri capturar a Kyuubi, e faz várias partes do seu corpo saírem dele. Madara diz que não, Zetsu jamais capturaria Naruto pois a Kyuubi é muito poderosa e não tem linha de frente para isso, e diz para deixar com Sasuke essa caçada, pois seria divertido. Madara pede para Zetsu verificar Kisame pois está preocupado, e pede também para que Zetsu volte com sua parte negra. naruto caminha um pouco, Kakashi tenta impedir Naruto mas Naruto diz que tem que falar uma coisa com Sasuke. Naruto relembra Sasuke do encontro dos dois no vale do fim, que quando ninjas de alto nível lutam, são capazes de lerem suas mentes, que os dois tinham se tornado ninjas, e pergunta a Sasuke o que ele tinha lido no coração de naruto, o que ele realmente sentia, e que se os dois lutassem de novo, ambos iriam morrer.

Nossa batalha seria inevitável, se você atacasse Konoha. Então continue com seu ódio, deixe-o apodrecer, e me bata com toda a força. Eu sou o único que pdoe suportar todo o peso do seu ódio, esse é meu trabalho e de mais ninguém! EU VOU SUPORTAR O PESO DO SEU ÓDIO E NÓS MORREREMOS JUNTOS!

Sasuke não entende e pergunta a Naruto por que Naruto se preocupa tanto com ele. Naruto responde Porque eu sou seu amigo. Sasuke, nós nunca seremos capazes de nos entendermos através de palavras, eu soube isso no momento que te conheci. O único jeito que você e eu podemos nos comunicar decentemente é com nossos punhos! Lembre-se disso... Agora nós somos ninjas! EU AINDA NÃO DESISTI! Calma, eu acabei de desabafar com você, droga, eu mal pude unir essa frase, eu não deveria palestrar ninguém! Senós realmente proseguirmos isso e morrermos... Nós não seremos Uchihas, Jinchuurikis, nem nada. Não haverá mais nenhum fardo para suportar, nós vamos entender um ao outro no próximo mundo! Sasuke diz que Eu nunca vou mudar! Eu não quero que nós nos entendamos! E eu não morrerei, você vai. Kakashi intefere, disse que já basta, pois Naruto queria ser Hokage, que Sasuke também caiu, mas que ele não deixasse Sasuke derruba-lo. Naruto diz que como ele pode ser um Hokage, se nem mesmo salvou um amigo. Naruto fala que a única pessoa com quem Sasuke deve lutar é ele. Sasuke diz que matará Naruto primeiro, e Naruto diz que Sasuke não ceitou que eles são iguais. Kakashi diz que Naruto poderia enfrentar Sasuke e usa o Kamui em Madara, mas o mesmo diz ue jutsus como o Kamui não funcionavam nele. Madara diz para Sasuke que eles iriam embora e Sasuke diz que ele e Madara tem que conversar. Madara então usa o Ryokko Basho Tenki e ele, Zetsu e Sasuke somem. Naruto diz que estaria pronto para lutar quando Sasuke estivesse pronto para lutar com Naruto com toda a sua força. Naruto então cai pois Sasuke tinha usado a kunai envenada de Sakura, e arranhando o rosto de Naruto, Sakura percebe isso e Kakashi pede a Sakura o antídoto, Kakashi lembrou que sasuke o tinha cortado no rosto. Kakashi diz que é hora de ir, e carrega Karin, Kakashi diz que eles levariam Karin para Konoha, e pede para Karin não tentar nada, Sakura pergunta se Naruto iria ficar bem, e Naruto diz que ele se sentia como se estivesse morrendo.

No caminho encontram Kiba, Lee, Sai e Akamaru dormindo, e os acordam, Naruto se aproxima deles e deita, Kiba reclama que ele havia encontrado Sasuke, e que não haviaganhado nada com aquilo, reclama também que sai não deveria ter contado a missão a Naruto, e adverte que Sasuke havia escapado, Naruto pede para Kiba parar com aquilo, Kiba grita que Naruto está chorando desde que a confusão com Sasuke começou, Sai diz que além de lerdo, Naruto era burro e pensava demais, Naruto olha para trás e diz que Sai estaria se divertindo com aquilo, Sai agradece e Naruto diz que aquilo não era um elogio, Lee diz que o velho Naruto voltou, Sai adverte que aquilo demonstra que Naruto não cresceu, pois um idiota sempre será um idiota, então três ANBU chegam, Sai diz que eram da ANBU Ne, um deles pergunta para Sai o que estava acontecendo, Sai responde que o selo de Danzou havia sumido,eeles chegam a condição de que Danzou estaria morto, sai diz que a ANBU Ne teria que ter uma longa conversa com o novo Hokage Kakashi Hatake. Todos voltam para Konoha e tem uma longa conversa com os Times Gai, Asuma e Kurenai sobre Sasuke, e Naruto diz que ele vai ao Ichiraku Lamen pois estava com fome.

Tsunade, Treinamento na Kyuubi

Já no Ichiraku Lamen, Sakura entra lá muito cansada, ela diz a Naruto que Tsunade havia acordado, Naruto fica muito surpreso, e Teuchi diz que aquelas eram ótimas notícias e que todos iriam comer por conta da casa, Sakura vai embora dizendo que muitas pessoas deveriam saber daquela notícia, e Naruto grita que estava feliz e com fome por aquilo, e que comeria como um cavalo. Naruto recebe o Lamen, e some, aparentemente sendo um Kage Bunshin. mas Naruto foi invocado até Myokobuzan, e come uma sopa de Shima, Shima admira aquilo, e então Naruto cospe a sopa inteira pois não gostou. Naruto pergunta por que estava ali, Fukasaku diz que o invocou até Myokobuzan com o Gyaku Kuchiyose no Jutsu, e diz para ir com ele, pois o Gama Dai Sennin queria falar com Naruto, chegando lá, gama Dai Sennin pergunta quem era ele (Naruto). Naruto responde e fala seu nome, Gama Dai Sennin diz que Naruto iria conhecer um polvo pois previu seu futuro, que Naruto lutaria comum jovem com grande poder em seus olhos, que era Sasuke, Gama Dai Sennin pergunta se Naruto sabia quem era esse jovem, Naruto responde que sim, que sabia daquilo, e que estaria preparado para tudo que acontecesse. Gama Dai Sennin diz para Gama Tora (Sapo Pergaminho) dar a Naruto o selo do Yondaime Hokage, Naruto se surpreende e Gama Tora se abre, o mesmo diz que aquilo era a chave para abrir e fechar o selo do Yondaime, e diz que eles poderiam liberar todas as 9 caudas se Naruto quisesse. Naruto fica paralisado e Gama Tora explica o que fazer com o selo. Naruto coloca a mão no selo.

Força

Naruto, de início, era um dos ninjas mais fracos de todos. Não sabia lutar direito, só atrapalhava. Por não saber muitos ninjutsus e genjutsus, Naruto ficou no taijutsu. Não treinou nessa arte, ele apenas sabe socar, chutar, sem nenhum treinamento próprio, quase como numa briga de rua. Sua força e especialidade na luta estão no improviso, surpreendendo oponentes e companheiros.

Isto começa a mudar quando aprende o Kage Bunshin no Jutsu: por causa de seu chakra enorme, pode criar inúmeros clones, sem se preocupar muito. Com eles, pode atacar diversas vezes o oponente, com várias habilidades. Pode criar dois, que seguram o oponente, enquanto outro clone ataca; pode criar dezenas, que atacam ao mesmo tempo; alguns que servem como isca; e a estratégia pode mudar drasticamente. Desse modo, criou o Uzumaki Naruto Nisen Rendan e o Uzumaki Naruto Rendan. Com Kakashi Hatake, aprendeu o Sennen Goroshi. Com Jiraya aprendeu o poderoso Rasengan, que Naruto faz com a ajuda de um Kage Bunshin, concentra e rodopia o chakra na sua mão, dando o Rasengan, uma esfera de chakra concentrado capaz de causar um grande dano interno no receptor, que varia com a intensidade de chakra utilizada. Também com Jiraya aprendeu a invocação de sapos, animais estes que ajudam em diversas situações.

Depois de treinar dois anos e meio com Jiraya, Naruto fica mais rápido, e cria uma variação do Rasengan, o Oodama Rasengan, em que Naruto junto com um clone juntam suas mãos, e formam o Oodama Rasengan, que é duas vezes maior que o Rasengan. Aprende a criar estratégias, a invocar armas a partir de pergaminhos. Com o treinamento de Kakashi aprende a controlar seu elemento, o Vento (Fuuton). Com isso desenvolve o Fuuton Rasengan, mais tarde aperfeiçoado para Fuuton Rasenshurinken.

Depois de ter aprendido a controlar a energia da Natureza, Naruto ficou extremamente poderoso ao ponto de ser Um Dos ninja mais fortes Do Mundo ,superando seu mestre, o Sannin Jiraiya,com essa energia ele entra em Sennin Mode, aumentando drasticamene sua força física, seus níveis de chakra e dando um maior alcance aos seus ataques, isto é, ele não precisa tocar em seus inimigos para ataca-los, pode utilizar a energia da Natureza que esta á sua volta, já que esta faz parte dele.

Os ataques mais poderosos do Naruto são o Rasengan e suas variações, que causam um grande estrago interno, e aos órgãos internos do inimigo, já o Fuuton - Rasenshuriken, além de causar esse dano, também destrói os tenketsus do inimigo, impossibilitando a passagem de chakra. Ao derrotar Pein, demonstrou que nem mesmo o mais venerado dos doujutstus é capaz de subestimá-lo.

Naruto e Kyuubi

A Kyuubi (mais especificadamente Kyuubi No Yoko - Raposa de 9 caudas- Kyuubi= 9 caudas) foi selada pelo seu pai Minato Namikaze (Yondaime Hokage) dentro de Naruto. Por ter sido selada ela é um pouco desobediente. Nunca se preocupou muito com Naruto, mas tenta recuperá-lo com seu chakra porque se ele morrer ela morre junto. Naruto aprende a usar o chakra da Kyuubi quando treina com Jiraya antes das finais do Chuunin Shiken, com o final do treino sendo o momento em que Jiraya joga Naruto em um precipício e então Naruto pede para a Kyuubi emprestar seu poder como "aluguel" por ela morar dentro dele, e assim invocar o Gamabunta para poder sobreviver e sair do precipício. Ela aceitou, e Naruto ganhou um novo poder, o gigantesco chakra da Kyuubi.

Sempre que Naruto está numa dificuldade, Kyuubi libera seu chakra, o recuperando. Sempre que o chakra de Naruto vai acabando Kyuubi coloca o seu dentro dele. O gatilho para esse modo em Naruto é a perda de controle: quando alguma emoção está à flor da pele, esse poder começa a sair. Normalmente acontece quando ele está com raiva.

Quanto mais chakra a Kyuubi libera, mais poder Naruto ganha, porém isso tudo tem um forte contra: ao ganhar muito chakra, Naruto começa a liberar as caudas da Kyuubi. Ao usar o chakra dela os riscos na sua bochecha ficam mais escuros e seus olhos ficam diferentes. Com uma cauda seu poder aumenta, e o chakra da Kyuubi o ajuda na luta, lutando independente da vontade de Naruto, como se fosse um terceiro braço. Com duas caudas Naruto libera um poder gigante, ganhando presas com unhas parecendo garras. Na terceira cauda Naruto começa a perder a razão, mas mantendo a sanidade, ganhando um poder inimaginável. Quando libera a quarta cauda ele ganha um instinto assassino, perdendo toda a razão, destruindo o que ele encontrar, explodindo seu chakra. Seu sangue começa a cair e fica em volta de seu corpo, dando a impressão dele ser o pêlo da raposa. Naruto começa a virar uma mini-Kyuubi. Os efeitos da quinta cauda são desconhecidos, mas com a liberação da sexta cauda o esqueleto da Kyuubi começa a se formar ficando em volta de Naruto (como se fosse um exoesqueleto), dando início a uma transformação física completa, formando um novo corpo para a Kyuubi, nesta forma Naruto se torna totalmente incontrolável e, devido a intensificação do seu chakra, é impossível para-lo, nem mesmo o Shinra Tensei de Pein Círculo de Deus pode barra-lo, o efeito da setima cauda é desconhecida, mas quando a Oitava aparece, os músculos da Kyuubi encobrem Naruto dando uma transformação física quase completa e a Kyuubi volta a ter sua altura original, nesta forma os níveis de Chakra da Kyuubi são extremamente gigantescos sendo capazes de destruir o jutsu Chibaku Tensei de Pein (outrora usado pelo Eremita dos Seis Caminhos para criar a lua). Quando a nona cauda aparece, desconhece-se a transformação final, porém dizem que a Kyuubi estará livre, com todo seu poder e seu corpo de volta, porém isso ainda não estar confirmado, pois no mangá 439, quando as nona cauda apareceu a única coisa estranha de se acontecer é o fato da Kyuubi controlar a mente de Uzumaki Naruto, porém quando este tentou tirar o selo, seu pai, Yondaime Hokage, impediu tal ato.

Quando com quatro caudas ou mais, pode atacar com o chakra da Kyuubi, se dividindo, esticando, se recuperando, criando um novo braço de qualquer parte de seu corpo. Se esse chakra acertar o sangue de qualquer pessoa, a ferida demorará a cicatrizar, já que o chakra é venenoso, e de vez em quando a dor do machucado será tamanha que impede a pessoa de mexer aquela área, também permite usar jutsu dos bijuus exclusivos como Bijuu Rasengan ou o Bijuu Oodama Rasengan. Sempre depois de se transformar seu corpo fica cansado e fraco, e a sua quantidade de chakra diminui drasticamente, o que faz com que Naruto enfraqueça rapidamente. Além disso, o poder da Kyuubi foi decisivo na luta contra Pein. Atualmente, Naruto consegue mesclar o Modo Sennin com o Manto da Kyuubi no Youko, assim seus níveis de chakra, força, rapidez, agilidade e esquiva que já eram muito altas dentro ou fora do Modo Sennin se tornaram varias vezes maiores.